1937年底的南京保卫战，因撤退命令未能及时执行，导致约十万守军中，除了少数高级将领和少数士兵成功渡江逃生，大部分士兵被日军俘虏后惨遭杀害。尽管南京保卫战失利，高级将领并未受到应有的处罚，除了78军军长宋希濂被免职，其他大部分军官未受责罚（孙元良与南京保卫战无关，被关押的原因也另有其事）。

在南京保卫战期间，宋希濂的36师作为预备部队，只有其补充的第二团在复兴桥一带与日军接触，造成百余人伤亡。12月10日，由于外围据点相继失守，唐生智下令各部撤回复廓阵地。为了防止各部队私自逃脱，他命令所有部队缴交船只，由运输司令部统一管理，不得私自扣留，并特别指派宋希濂负责指挥。此外，还严令沿江的宪兵和警察不得允许散兵私自乘船渡江，违者将被严惩，并表示如果遇到抗拒，可以采取武力。

当时，各部队都在长江沿岸存有船只，作为最后的逃命工具。收缴这些船只显然会引起不满，因为这等于是切断了他们的退路。尽管如此，宋希濂在执行这一命令时并不严格，许多部队仍然保留了少量船只。于是，撤退命令一出，高级将领们纷纷前往下关，而普通士兵因为不知情，只能跟随长官撤退。

12日的上午，日军对雨花台和中华门一带发起了猛烈进攻，并有小股日军突破城墙，进入南京市区。形势愈发紧急，为了避免军队溃散，唐生智在中午12时再次指示宋希濂：下关通浦口是我军唯一的后方通道，你们要尽力维持秩序，禁止散兵游勇聚集。中午1时，唐生智再次通过电话命令宋希濂，宣布下关地区戒严，禁止一切人员擅自行动。为了确保秩序，宋希濂安排了四连士兵把守挹江门，严格限制未经允许的人员通过，并张贴了通告。

然而，戒严部队很快遇到了一些困难。八十八师部分官兵试图从挹江门溃退，并被戒严部队劝阻。随后，八十八师师长孙元良带领这些人返回中华门继续作战。下午四点，宋希濂得知74军在三汊河设立浮桥准备渡江，于是向唐生智报告后派兵前去阻止。随着雨花台和中华门的相继失守，日军已攻入城内。唐生智认为南京已无法再守，接着接到蒋介石的命令，决定视情况而定，组织撤退。因此，他在12日下午五点召集各部开会，部署了详细的撤退计划，要求各部队在12日晚11时分头突围，指挥机关和非战斗部队也被安排了渡江的批次和时间。

尽管如此，此时下关仍处于戒严状态，36师的士兵们仍在履行警戒任务。唐生智完成部署后，自己率先渡江，而留下的将领有的没有回部队，而是直接把撤退命令传达后便随即渡江。也有一些将领回到部队通知下属立刻撤退，但并没有严格按照撤退计划的时间和方向执行。这导致一线部队见有人开始撤退，立即陷入混乱，纷纷涌向挹江门。此时，长官的汽车、溃兵和难民都在挹江门处堵得水泄不通。由于并未到达撤退的具体时间，戒严部队禁止人员通行，局面因此更加混乱，最终他们不得不开枪警告，城内秩序彻底崩溃。

36师212团2营营长刘民回忆，城内的情况非常混乱，百姓和散兵蜂拥而至。当时，熊新民传达上级指示，要求营里把守挹江门，确保交通畅通，并下令如有违令者，可开枪射击。刘民表示当时非常犹豫，但军令如山，不得不执行。于是，他派了第六连连长喻世杰带领重机枪两挺，在海军司令部门口和挹江门进行戒严。

然而，由于聚集的人数过多，戒严部队无法有效控制场面，最终被涌动的人流冲破。接着，撤退的队伍向下关渡口涌去，但渡口处并没有足够的船只。这时，人们纷纷想办法渡江，有的拆了大门板当作浮板，有的砍倒电线杆制成木筏，还有的利用自家的盆子、缸子等物品。只要有船来，大家便蜂拥而上，以致有的船在江中翻覆。士兵们为了争抢船只，甚至开枪射击。下关渡口一片混乱，叫声、哭声、枪声交织成一片，惨不忍睹。 很多人将这场混乱的局面归咎于宋希濂，事后纷纷向蒋介石告状。74军军长俞济时在报告中称：在三十六师强行夺船、开枪阻止其他部队渡江的情况下，秩序变得完全无法控制。更有甚者，三汊河两次架桥的行动也被宋师破坏，导致撤退时器材丢失，兵员损失严重。 《宪兵司令部战斗详报》也提到：我们被三十六师阻止在铁道部附近，随后在海军司令部门前再次遭遇阻拦，导致部队一度陷入混乱。这些报告都呈交给蒋介石，并且背后还有许多人进行投诉。 在这场撤退过程中，许多人指责36师戒严部队以开枪手段阻止其他部队前进。时任十六军团司令部中校参谋王宴清回忆，绝大多数部队并未严格执行撤退命令，而是纷纷涌向下关，36师的戒严部队按照命令开枪阻止，导致不少人死伤。虽然如此，36师的任务本是维持秩序，禁止逃兵涌向下关，而因为当时前线已处于撤退阶段，这些新兵并未意识到其他部队已经开始撤退。 事件最终被上报到蒋介石面前。为了平息纷争，蒋介石决定将宋希濂撤职查办。宋希濂对此感到非常委屈，他回忆说：我被冤枉了，根本没有犯什么错误，结果被免职。不过不久后，风头平息，蒋介石再次启用宋希濂担任荣一师师长，显然是为了安抚士气。 南京保卫战的溃败原因复杂。中日之间的实力差距本就巨大，且高层决策失误，将大量兵力集中在南京，使得日军有机可乘。据学者统计，南京保卫战中约有9万名军人被困在城内，最终超过7万人在被俘后遭到杀害。战争的惨重后果背后，根本原因是决策失误，直接导致军事指挥的失败，而高级将领的不服从和错误指挥才是最终导致这一惨败的原因。