1965年,吴法宪接任空军司令员一职,此后六年的时间里,他在军队及党内的地位愈发显著,变得越来越难以忽视。他的领导风格和决策能力让人们逐渐对他有了新的认知。在担任空军司令员的这段时期,他推荐了两位政委,分别是余立金和王辉球,这两位的选择彰显了他的眼光和领导风范。
在吴法宪还刚上任时,空军的副司令员阵容相当庞大,包括刘震、常乾坤、徐深吉、曹里怀、谭家述和成钧等知名将领,而副政委则由余立金和王辉球担任。余立金在政委岗位上任职三年后,由于受到冲击而被迫中断工作,吴法宪随即推荐王辉球接替他的职务。提拔王辉球的重要原因之一在于,他是井冈山革命根据地成长起来的红一军团将领。在那时的六十年代,担任“双一”将领的将领备受重视,很多重要岗位如总参谋长、总后勤部部长、总政治部主任以及空军领导层中,几乎都是来自红一方面军和红一军团的人士。
尽管吴法宪出任司令员后并未立刻得到广泛认可,尤其是在上任初期,党委几位常委对他颇有微词,一方面是因为他是一名政工干部,而他转任为军事干部让部分人觉得不妥,当然,还存在其他原因。不过,在他担任司令员的期间,他依然保留了党委第一书记的身份,成为了空军的实际决策者,大家在行事时都不得不给其面子。
有一次,吴法宪面色阴沉地召集大家开会,会议上,他一通大发雷霆,指责天气预报的不准确,认为这将影响未来的作战表现,因而需要对相关人员追究责任。作为政委的王辉球则劝说道:“我们已经尽力了,天有不测风云。”听到这话后,党办的秘书处长迅速跑到王辉球耳边小声建议,希望他能向吴司令做个检讨,暗示后勤工作忙碌,可能是导致出错的原因,给吴法宪一个缓和的台阶。然而,王辉球对此并没有表示异议,也没有再多说什么,选择了沉默。
有人认为吴法宪与王辉球是平级的空军负责人,实际上并非如此。在此时,吴法宪同时还担任军委办事组副组长(相当于秘书长)和副总参谋长,已经成为了军委的核心成员。从这个角度来看,吴法宪的地位显然高于王辉球,因此王辉球在会议上的不发言或许也是出于对领导的尊重和对局势的考量。
会议最后没有人发言,吴法宪训斥完毕后,大家便解散,会议也就不了了之。尽管他们之间是搭档,工作上的互动较多,但在九一三事件发生后,王辉球并没有受到审查,然而他同样遭遇了不小的冲击,长期接受检查与批斗,直到1973年被下放到淮阴的工厂,经历了一年的锻炼。直到1974年他回到北京,经过一段时间的调整,到1975年才重新被安排工作。