隋大业中期，秦琼是来护儿麾下的重要将领之一，深受来护儿的赏识与器重。在来护儿去世后，秦琼转投张须陀门下，参与征讨起义军，并屡次立下赫赫战功。随着隋朝末期政治腐败、战乱不断，王朝的覆灭似乎已成定局，秦琼最终选择投身瓦岗山的李密。李密战败后，秦琼又投靠了李渊，后来与程知节等人不得不降服王世充。当时，李世民与王世充在洛阳展开激战，秦琼与程知节等人突然转而倒戈，投向李唐。

自此以后，秦琼伴随李世民南征北战，屡次立下赫赫战功。“每逢太宗征伐，敌阵中如有勇猛将领，带着锐利的军队，气吞万里，出入如风，太宗常常勃然大怒，指派秦琼出战。”每一次，秦琼都不畏艰险，跃马提枪冲入敌阵，所向披靡，所向披靡，太宗每每为之大加赞赏，并更加重视他的忠诚与能力。因屡次立下赫赫战功，秦琼封为秦王右三统军，并大破宋金刚，获得了百斤黄金、六千段杂彩的奖励，官职也随之攀升。随后，在武牢战役后，秦琼再次被晋封为翼国公，并获得百斤黄金和七千段绸缎。

李世民一直视秦琼为心腹重臣，给予他极高的荣誉和丰厚的奖赏。虽然如此，到了贞观十七年（643），当李世民为凌烟阁绘制二十四功臣画像时，秦琼虽名列其中，却排名令人尴尬——居然排在末位。

这一排名，并非因秦琼早逝或人事变迁，而是因为他在武德九年的玄武门事件中的表现未能令李世民满意。史书中虽有提到秦琼参与了玄武门兵变，但他在这场涉及李世民生死存亡的兄弟内斗中，缺乏足够的行动力和表现，更多的是沾了“参与”的光，与尉迟恭等人的积极表现相比，他显得过于消极。高祖和太宗的实录中，甚至未曾提及秦琼在此次事件中的具体表现。不同的史书记载中有不同的说法，有的称他参战但未立战功，有的称他曾参与对冯立、谢叔方等人的平定，但大部分叙述均未给予他足够的功绩。

尽管史家极力渲染李世民的“英明神武”，将玄武门事件美化为一场除奸讨贼的胜利，秦琼的角色却始终充满争议。虽然他没有公开反对李世民发动兵变，但他内心的抵触和消极态度显而易见。因此，李世民心中自然也清楚这一点，并未因此对秦琼过于追究。然而，在随后的利益分配上，李世民将秦琼排在了最末，这可视为一种隐晦的羞辱。幸好，秦琼早已去世多年，这种羞辱也不再有太大风险。

因此，秦琼的形象逐渐从一名猛将转变为一位儒将，成为将军、侠士与儒者三种高尚品格的结合体。虽然像尉迟恭一样，秦琼死后被尊奉为神，但他在民间的影响力远超尉迟恭。在隋唐时期，秦琼的事迹鲜活生动，广泛传颂，成为人们心中的英雄。他的形象，比关羽更具魅力，作为“武圣”关羽的对手，他的传奇故事依然值得后人反思与铭记。