军队的强大依赖于民众的支持，清朝曾在战争中击败准噶尔汗国并消灭和卓政权，但无论是清朝还是民国时期，他们在新疆的军事力量始终不足。即便满清在新疆的军力也仅有四万人的规模，浩罕国就曾多次发动侵袭，而沙俄也对新疆虎视眈眈。这些问题的根源在于新疆地区可供中国政权依赖的民众实在过于稀少。

乾隆将新疆纳入版图后，曾一度面临阿富汗帝国的挑战。在这一时期，乾隆的应对策略则是选择视若无睹——置之不理。当时的情况其实也可以理解，毕竟在乾隆时期，驻守新疆的清军绿营兵力最多时也仅有16,000人，而在正常情况下，兵力总数大约只有11,000人。为了增强战斗力，清朝还从满洲调动了索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特四营的兵力前往新疆。这些新满洲兵力在新疆驻扎的卡伦数量有七十多个，每个卡伦驻军通常只有十几到三十人，最集中的时候也不过六千人，而常规驻兵则只能维持在两千人左右，战力相对较弱。

直至1944年，在对新疆人口的统计中，锡伯族人口仅有1万零624人，达斡尔族甚至仅有2508人。整个新疆，满清能动用的总兵力最多也不过两万人。然而，阿富汗的杜兰尼王朝的兵力却达到20万，其曾在乾隆时期重创了莫卧儿帝国，且频繁与马拉塔联盟交战并获胜。面对如此强大的阿富汗帝国，乾隆时期的清朝虽然能够抗衡，但随着时间的推移，特别到了嘉庆、道光年间，清朝已无法再应对浩罕国的挑战。

浩罕国在新疆的影响力逐渐加大，屡次支持和卓后裔在新疆发动叛乱，并派遣上万兵力参与其中。在嘉庆道光年间，驻守新疆的清军总兵力甚至未曾超过15000人，其中大部分还集中在北疆的乌鲁木齐一带（如乌鲁木齐就有4500多人，镇西府2000多人），这使得和卓的后裔与浩罕国联手后能迅速集结起三至四万兵力，在兵力上对南疆的清军形成压倒性优势。

幸运的是，浩罕国的军队战力并不强大。在鸦片战争期间，清军奕山指挥4700多名士兵击败了浩罕国超过3万人的大军。虽然清朝能够战胜浩罕国，但始终未能彻底征服这个国家。浩罕国通过与清朝道光帝签订的条约，成功派遣6000余名商人进入新疆。这些商人和来自中亚的其他人员，逐渐在新疆形成了显著的影响力，甚至对清朝的统治形成了巨大的威胁。至清朝末年，来自中亚的各族商人和民众在新疆的数量已达到12万左右，占据了新疆相当一部分的社会结构。根据1850年的统计，新疆的总人口为73万4389人，其中中亚各族民众大约占到了六分之一。

满清在新疆所能依赖的资源有限，其中绿营及其家属的总数不足十万人，汉族人口大约为十五万人，加上遣犯及其家属，总计不过三十万人左右。而驻守新疆的满洲八旗、索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特四营的兵力储备加起来也仅有两万人左右（即便在最集中的时期）。因此，满清可以依靠的民力，甚至连三十万都不到。相比之下，外来人员逐渐在新疆形成了强大的经济与文化影响，成为了对清朝统治的严重挑战。

在历次和卓之乱中，这些来自中亚的民众都在不经意间为浩罕国提供了支持，甚至在阿古柏入侵时，正是这些人提供了重要的支持，使得阿古柏从一个小小的流亡军头发展成了新疆的强大统治者。浩罕国灭亡后，阿古柏政权被推翻，但这些中亚人士又迅速投靠沙俄，成为沙俄侵略新疆的重要帮手。

民国建立后，新疆的汉族人口依然稀少。到1948年时，新疆的汉族人口仅为29万人，而青壮年男性更是只有四万多人。新疆的主体民族人数依然过少，外来人口却大量涌入，这一现象使得清朝末期和民国时期的新疆始终动荡不安，烽火不断。