1954年，时任华东军区参谋长的张爱萍被任命为副总参谋长。对于这个决定，张爱萍内心并没有太多激动，反而是复杂的情绪交织在心头。这时的张爱萍正全力组织部队，准备解放一江山岛，他也是这场战斗的总指挥。战斗还未开始，上级便希望他能赶往北京履新，但张爱萍并不愿意在关键时刻中断作战。他在向军委和总参汇报后，决定继续留在华东军区，直到一江山岛战役取得胜利。

1955年，一江山岛战役胜利后，距离张爱萍被任命副总参谋长已经过去半年。刘帅见到他时，惊讶地问：“你怎么还在南京？为什么不去北京报到？” 对张爱萍来说，这个问题让他十分纠结。他回答道：“上面认识复杂。”意思是留在军区工作可能更为稳妥，但哪里又有不复杂的地方呢？其实，经过一江山岛战役后，他与军区一些领导产生了分歧和矛盾，关系变得微妙。

具体的分歧主要集中在敌目标的选择上。许世友作为猛将，擅长打硬仗，他认为应直接攻击敌人的核心防线——大陈岛，直捣黄龙。张爱萍则认为应该采取更为稳妥的策略。他指出，考虑到我军陆、海、空三军尚未进行过联合作战，虽然我空军在朝鲜战场有所历练，但装备仍然存在一定差距。张爱萍提议先打一江山岛，这是一个规模较小的目标，避免长时间航行，也能为全军鼓舞士气。而且，相比于大陈岛，我军新装备还不够成熟，特别是飞机和军舰不能承受太大的损失。如果直接攻打大陈岛，不仅困难重重，敌人曾经切断退路，还可能会影响整体战局。大陈岛上驻有万余人，作战风险极高，因此张爱萍认为先打小规模的战斗，稳步推进，能够更大程度地提高胜算。

在讨论作战方案的过程中，军区领导之间的意见分歧也是常见的，偶尔会发生争执。影视剧中往往呈现出团结一致的领导画面，然而，现实中的决策过程并非总是如此顺畅。各位指挥员对作战策略常常有不同的看法，争论和分歧是难以避免的。而张爱萍本人是一个务实的将领，他的做事风格非常亲力亲为。无论是早期的军区工作，还是后来的国防科委，他总是全身心投入到工作中。他有时也显得有些桀骜不驯和执拗，以至于一些领导曾形容他为“惹不起的人”。

刘帅对张爱萍在军区的处境有一定的了解。他对张爱萍说：“我们了解你的情况，留在这里能做的事情有限，还是去总参工作吧。” 这番话让张爱萍陷入深思。军区领导之间的隔阂让他感到留下来会加剧矛盾，倒不如换个环境工作。毕竟，去总参谋部或许能更好地发挥自己的作用。而且，总参谋长粟裕是他的老战友，两人曾在抗战胜利后共同担任华中军区副司令员。虽然他们没有直接共事过，但粟裕是一位能够听取不同意见的领导，且与军委和彭老总也有紧密联系。彭老总曾在抗美援朝时希望张爱萍担任志愿军参谋长，虽然由于华东军区缺乏干部而未能成行，但张爱萍与彭老总的关系一直很深厚。

此外，张爱萍与副总长陈赓也有过深厚的战友情谊，二人曾在红军抵达陕北前后并肩作战，彼此非常了解。1955年后，张爱萍担任副总长，主要负责军队行政和武器装备工作；到了1960年，他又兼任国防科委副主任，后期更是成为主任，主导了两弹一星等尖端科技的研发。尽管张爱萍性格上有些特立独行，耿直无私，得罪了一些人，但他在工作上的能力无可挑剔，始终以公为先。

他在尖端科技领域的重要性也得到了充分认可，尽管两次被边缘化，但叶帅依然两次请他“出山”，这在其他将领中是极为罕见的荣誉。张爱萍的贡献不仅体现在军事领域，在科技创新上，他的角色同样不可或缺，展现了一个军人既有坚韧品格，又具备超凡智慧的一面。