1956年底，黄克诚不再兼任总后勤部长及政委的职位，接替他的是洪学智出任部长。对于这次总后勤部领导班子的变动，显然影响到了另一个重要人物，邱会作。紧接着，他选择离开总后勤部，要求前往军事学院进修。这一举动引起了许多人的关注。

许多人或许听说过邱会作这个名字，但对于他的事迹却并不太了解。实际上，他投身于后勤工作已久，早在土地革命时期便开始此项工作，至抗日战争后期，总计已有十多年的经验。1954年，在一轮干部大调整中，他再次被调任为总后勤部副部长及副政委。在当时，黄克诚兼任部长和政委的情况下，他基本上无暇顾及总后勤部的具体事务，因为他还担任军委秘书长和副总长，精力主要放在总参。那时，总参与军委是共同办公的，所以总后勤部的日常事务多由洪学智和邱会作共同负责。

洪学智和邱会作都是年轻有为且充满干劲的人。前者在现代战争的后勤方面积累了丰富的经验，尤其是在抗美援朝期间，他为上百万的部队输送了各种必需物资，确保了前线的需求。而邱会作在政治及后勤工作上同样有着深厚的造诣，两人在职位上的搭档——一位担任部长，另一位担任政委，似乎是非常合适的组合。然而，在1956年年底，上级任命洪学智为部长，而邱会作却没有得到晋升的机会。

当时，周总理和李富春有意将他调离军队，转而赴国计委工作。对在军队辛苦奋斗了数十年的邱会作而言，这显然是个艰难的决定，因此他最终选择前往高等军事学院进行深造，自此离开了后勤系统。

关于邱会作离开的真实原因，是否与晋升有关，至今难以确知。从他的回忆录中可以窥见一些线索。邱会作提到，黄克诚在他上任几天后对他说：“我今天就交接了，以后所有工作将由邱会作接手，他是我的代理人。你们要全力支持他的工作，若有任何问题，由我黄克诚来负责。”在邱会作来之前，洪学智已经主持了日常工作，至于黄克诚的话究竟是什么意思，大家似乎并没有完全理解，包括邱会作自己。或许上级确实有某种安排，可能希望他能够担任政委一职。

因为在随后的1957年，八大总部及五个军种要撤并，这项撤并计划早在1955年就由副总长张爱萍统筹。黄克诚和总参的领导对此有一定的了解，但其他人对此并不知情。最终，总后勤部与总财务部合并，财务部部长余秋里担任了总后勤部的政委。

总后勤部的领导班子调整对邱会作产生了显著的影响。在他的回忆录中，他虽然提到自己不愿意继续从事后勤工作，对于此行业缺乏长远规划，可能也只是表述一种心态。然而，这样的说法似乎并不完全合理。为什么呢？因为在1959年，他在军事学院学习期间被任命为总后部部长，后续长达12年的任期直到1971年结束。如果没有其他意外，或许他还能继续担任更长的时间，难道这并不显得矛盾吗？