清代时期，共有五位汉人被封为王，分别是恭顺王孔有德、怀顺王（靖南王）耿仲明、智顺王（平南王）尚可喜、平西王吴三桂以及义王孙可望。在这五位王爷中，四人被编入了汉军八旗，唯一没有被纳入其中的便是吴三桂。尽管吴三桂在清初的入关战争中立下赫赫战功，成为了清朝中原统一的关键人物，但他依然未能被纳入汉军八旗。这个问题的背后，有着较为复杂的历史背景，可以从两个方面来分析。

首先，汉军八旗的形成经历了一个渐进的过程。最初，在努尔哈赤的领导下，辽东的汉人以及前明的将领归附后金政权后，才逐步被编入满洲的八旗系统。由于那时还没有专门的蒙古和汉军旗，归附的汉人并没有被固定到某一旗。例如，李永芳便是最早归降后金的汉人之一，天命三年，他投降后金，努尔哈赤给予他三等副将的职务，并将自己的女儿嫁给了李永芳。史书并未明确指出他属于哪一旗，但从后来的推测来看，他很可能属于满洲的正蓝旗。汉军旗的正式设立是在皇太极称帝后的崇德二年。当年，汉军分为两旗；到崇德四年，汉军旗分为四旗；而到了崇德七年，汉军八旗的构建才算完成。在这一过程中，很多汉人将领通过战争建立了显赫的战功，成为了各个旗的固山额真，像祖泽润、刘之源、吴守进等人都是非常典型的例子。值得一提的是，李永芳的第五子巴颜，也参与了这一过程中汉军八旗的早期建设。

然而，在皇太极最终确定汉军八旗编制时，耿仲明、尚可喜和孔有德已经早在天聪年间就归附了后金，虽然他们带来了大量的兵力和火器，为后金立下了不少战功，但这些人物并未被选为固山额真，反而被划入了不同的汉军旗。这三位王爷的战功虽然显赫，但由于汉军八旗的固山额真已经由其他资深战将担任，皇太极最终决定封他们为王，而不是给他们授予固山额真的职位。

要特别说明的是，汉军八旗的固山额真并没有“旗主”的职务，和满洲八旗的旗主职务不同。汉军旗的旗籍隶属于满洲八旗，从某种角度来看，汉军旗和满洲八旗是相互依附的关系。

至于吴三桂，他虽然在顺治元年归附大清，但背景较为复杂。他的归降并非完全出于自愿，而是受到多尔衮的逼迫。在清朝定都北京后，吴三桂被封为平西王，并且在南明战事中屡立战功，成为了清朝统一中原的关键人物。然而，尽管他的战功十分显著，他依然未能被编入汉军八旗。这是因为，汉军八旗的编制早已定型，而吴三桂作为平西王，若被编入其中，其所授职务明显与其身份不符。如果将他任命为参领、佐领等低级职务，显然不符合他的重要地位；而如果赋予他固山额真一职，又显得资历不足，尤其是在已有三位王爷的情况下。因此，吴三桂并未被编入汉军八旗。

到了顺治十六年，吴三桂成功攻占云南，几乎成为一方诸侯。他的部队战斗力堪比满洲八旗，且云南地理偏远，中央政府对于吴三桂始终保持了一定的宽容态度。尤其是在中原尚未完全统一、外部威胁较大的情况下，吴三桂的存在仍然具有重要的军事价值。相比之下，尚可喜和耿继茂所辖的地区位于东南，朝廷对这些地方的控制相对容易，因此他们被编入了汉军正黄旗，而孙可望则隶属于汉军正白旗，这使得朝廷可以更好地掌控这些藩王。

康熙帝继位后，朝廷逐渐加强了对三藩的控制，吴三桂也因此逐渐与中央政权发生了矛盾，最终发动了三藩之乱。如果吴三桂当时没有叛变，或许历史的走向会截然不同。或许他和他的家族会被给予更高的荣誉，甚至编入汉军八旗，进而享有更高的政治地位。然而，历史的进程终究没有成就这一设想，吴三桂最终成为了历史上著名的叛臣。