公元1616年，辽东的建州女真部落首领爱新觉罗·努尔哈赤经过多年的战争，最终统一了东北地区的各个女真部落，建立了自己的政权——后金。他以“七大恨”为口号，正式宣布反叛大明帝国。在此时，努尔哈赤几乎已经控制了整个东北地区，为了提高军队的战斗力，他借鉴了金朝的“猛安谋克”制度和元朝的“达鲁花赤”制度，创造性地建立了八旗制度。

努尔哈赤将自己的部落分成了正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗、镶蓝旗、正红旗、镶红旗这八个旗，这就是后来的满洲八旗。这些旗人组成了努尔哈赤征战的主力军队。在当时流传着一句话：“女真（八旗）不满万，满万不可敌。”在八旗初创时期，的确展现了极强的战斗力。例如在1619年的萨尔浒之战中，努尔哈赤仅带领2万八旗军便全歼了11万明军精锐，成功夺取了辽东战场的主动权。

然而，女真（满洲）人口相对稀少，努尔哈赤的满洲八旗加起来也不过8万人，而他的对手是拥有百万大军的大明帝国。双方兵力对比悬殊，因此努尔哈赤迫切需要扩充兵员。于是他将目光投向了蒙古各部，特别是在1621年，他将后金境内的蒙古部众模仿满洲八旗的制度，成立了蒙古二旗。随着皇太极即位，继承了努尔哈赤的事业，他进一步扩大了蒙古八旗的军力，至1635年，皇太极正式设立了蒙古八旗，并特别在征服漠南蒙古（察哈尔部）后，收编了大量蒙古骑兵，将这些新归附的蒙古骑兵编入蒙古八旗作战序列，总兵力达到了6万余人。

到了1644年，清军成功入关，蒙古八旗也随之进入中原，展现出极强的战斗力。作为游牧民族出身的蒙古八旗，擅长长途奔袭与骑兵作战，在与南明、李自成、张献忠等力量的作战中，他们通常充当突击队的角色。从山海关一路打到中缅边境，为大清帝国立下了赫赫战功。蒙古八旗也因此成为大清帝国最重要的盟友之一，地位仅次于满洲八旗，高于汉军八旗和绿营兵。

满清皇室为了保持蒙古八旗对大清的忠诚，采取了满蒙一体的战略，大量鼓励两族通婚。蒙古八旗的忠诚度一直保持得很好，历次战役中他们始终是不可或缺的一支力量。随着乾隆时期的到来，满洲八旗逐渐衰落，清朝军队的主力转为汉军绿营兵。为了抗衡绿营兵的主导地位，清廷开始大量从蒙古八旗中抽调精锐兵力，补充满洲八旗，并将蒙古八旗调往内地。尽管蒙古草原的自然环境不如关内，但这些蒙古勇士依旧保留着质朴且勇猛的战斗作风。更重要的是，蒙古八旗对清廷的忠诚一直没有改变，因此清廷勉强保持了帝国军队的微妙平衡。

然而，1865年5月，蒙古八旗的最后一位领军人物——僧格林沁亲王，在剿灭捻军的战役中不幸中伏身亡，蒙古八旗遭遇了重创。此前在八里桥之战（第二次鸦片战争期间，英法联军与僧格林沁军队在天津郊外进行的决战）中，蒙古八旗也损失惨重，导致其战斗力大幅下降。此后，蒙古八旗逐渐退出了大清军界的主流舞台，汉族势力强大的湘军、淮军和后来的北洋军逐渐控制了清朝的军队。