《明史》的编纂历经了三个朝代，前后近百年的时间才最终完成。然而，在这一漫长的过程中，清朝的康雍乾三代帝王多次发动文字狱，打压任何涉及赞美明朝的言论。这不仅导致了大量明代文献和历史资料的毁灭，还使得许多文人遭受迫害。因此，关于《明史》的评价往往出现两极分化。

有些史学家对《明史》赞不绝口。例如，赵翼在《廿二史札记》中称它是五代之后最完美的史书之一，尤其强调《明史》“距前朝不远”和“考证精确”两个优点。但另一方面，许多学者认为《明史》在修编过程中存在不少问题，甚至有历史篡改的嫌疑。单士元就指出，《明史》编纂时对万历晚期到崇祯期间的许多文献几乎完全弃用，尤其是有关明朝民族政策的部分。

事实上，明朝作为元朝的继承者，极力抹除元朝的合法性，并强调汉民族的优越性。在这个过程中，许多涉及“夷夏之分”的内容在《明史》中被巧妙隐去。例如，明朝初期的红巾军起义中，北系起义军标榜“复宋”，而南系则有“逐元虏、靖中夏”的口号。这些带有民族色彩的言论在《明史》中都被抹去，起义背景被简单化为一场宗教民众叛乱。

除了删减，一些内容也遭到扭曲。比如，朱元璋在初期发布过的“复衣冠如唐制”命令，实际上是为了去除胡族因素，这一命令原本具有明显的“恢复汉族传统”意味。然而，《明史》在记录这一事件时，故意删除了“复”字，使得这一政策的真正含义被掩盖。此外，清朝作为少数民族政权，为了巩固其统治合法性，特意修改了明朝历史中的许多民族问题内容，甚至毁灭了大量相关的史料。

近年来，一些考古发现也揭示了清朝对《明史》的篡改。例如，1959年在金门发现的南明鲁王墓提供了新的证据。根据鲁王墓志铭，朱以海的死因并非《明史》所称的被郑成功所杀，而是因病去世。这一发现揭示了《明史》中的不实记录，可能是为了污蔑郑成功，削弱他收复台湾的功绩。

此外，明宪宗时期的太监张敏的族谱也暴露了《明史》中的错误记载。《明史》称张敏因受万贵妃迫害而自杀，但张敏的家谱和地方志却记载他因病去世，并得到了皇帝的厚葬。这种差异表明，《明史》可能有意抹黑明宪宗，以掩盖他在统治中的一些问题。

清朝对明朝历史的篡改不仅限于文字层面，乾隆时期的《四库全书》也大规模删除和修改了许多涉及明朝的文献。许多原本应被保存的书籍被视为“禁书”，包括《明实录》在内的许多重要史料被彻底销毁。而《四库全书》在修订过程中，不仅删除了数千种书籍，还通过篡改原文改变了许多历史事件的含义。例如，岳飞的《满江红》被改动其中的“壮士饥餐胡虏肉”一句，显然是为了消除抗击外敌的民族情感。

清朝对历史的篡改和毁灭，尤其是在明清过渡时期，几乎成了不争的事实。乾隆帝在修《四库全书》时多次发动文字狱，焚毁大量不利于满清统治的书籍，进一步加剧了这一过程。通过这种方式，清朝企图抹去历史中不利于自身统治的部分，掩盖其少数民族身份，巩固统治地位。

历史常说，“胜利者书写历史”，但清朝对历史的篡改和毁灭，尤其是针对明朝的相关文献，充分体现了权力阶层如何利用历史记录来服务于自己的统治目标。如今，我们虽然能够接触到部分明清时期的史料，但很多重要文献却已无法恢复。