1306年，元朝主力军突破阿尔泰山，突然袭击窝阔台汗国，蒙古骑兵在这场突如其来的战斗中惨遭失败，数十万兵力被俘，最终被安置在科布多地区。经过几年的拼搏，1309年，察八儿大汗在局势不利的情况下，终于不得不投降元朝，窝阔台汗国自此灭亡，延续了58年的汗国宣告终结。

蒙古汗国可以分为元朝、窝阔台汗国、钦察汗国、察合台汗国和伊尔汗国等五个主要部分。作为成吉思汗的后代，这五个汗国“本是同根生”，拥有相同的祖先血脉，然而在这个庞大帝国的内部，彼此却充满了冲突与斗争，常常为争夺领土而激烈交战，甚至无法停歇。

钦察汗国与伊尔汗国、察合台汗国之间的冲突不断，战争连绵不绝，尤其是在河中地区的争夺上，最终也为罗斯的崛起提供了机会。与此同时，元朝也与伊尔汗国、窝阔台汗国、察合台汗国频繁交战，许多次的兵戎相见，尤其是与窝阔台汗国的长期冲突，最终导致窝阔台汗国的灭亡。

那么，元朝为何要消灭曾经与自己同根同源的窝阔台汗国呢？根本原因在于两国之间的矛盾重重，早已无法调和。窝阔台汗国自认为才是成吉思汗的真正继承者，认为元朝的拖雷家族篡夺了原本属于自己的权力与地位。窝阔台汗国的挑战让元朝不得不作出反击，最终使其灭国，从而稳固了自己的帝位。

成吉思汗在1227年临终时，遗诏指定第三子窝阔台继承蒙古汗国，而他的幼子拖雷则负责辅佐。在窝阔台继位之后，拖雷手握蒙古汗国80%的精兵，掌控着强大的军事力量，蒙古的政务与军务分开，使得两者之间的关系日渐紧张。这为蒙古汗国的分裂埋下了隐患。

拖雷掌握了强大的兵力，窝阔台深感威胁。在1232年的三峰山之战后，窝阔台假装生病，拖雷前来探望时不幸被毒死，而窝阔台则迅速康复。虽然表面上是自然死亡，但其中的阴谋显而易见。拖雷死后，窝阔台企图通过将拖雷遗孀嫁给贵由来吞并拖雷部下，却遭到婉拒。为了削弱拖雷家族的影响力，窝阔台把拖雷麾下的3000兵马转交给儿子阔端。

1241年，窝阔台去世，遗孀乃马真摄政，五年后召开忽里勒台大会，决定由长子贵由继位，但拔都对此不满。拔都，作为术赤的长子，是成吉思汗孙子辈中最为勇猛的将领，他曾横扫东欧，所向披靡。拔都与贵由关系极差，矛盾深厚，几乎爆发军事冲突。

1248年，贵由亲率20万大军讨伐拔都，但在征途上病逝，皇后海迷失继续摄政。三年后，拔都在中亚草原召开忽里勒台大会，借助武力支持，推举拖雷的长子蒙哥继位。随即，拔都派弟弟别儿哥率领15万大军进军漠北，继续支持蒙哥的继位。

蒙哥继位后，窝阔台家族及察合台家族的诸侯们纷纷表示不满，要求遵循成吉思汗遗诏，认为即使家族仍在一块，窝阔台家族也应优先继承汗位，要求蒙哥交出大汗的宝座。蒙哥无奈，发动反击，迅速清除不服从的诸侯，包括海迷失和失烈门，最终将其处决。

拖雷家族的蒙哥继位后，蒙古汗国内部出现裂痕，窝阔台家族的诸侯们对失去大汗的宝座心生不满，他们被分派到偏远的地方，窝阔台后裔分散开来，失去了凝聚力，最终难以形成合力，遭受他国的侵蚀。

至1256年，窝阔台的孙子海都崛起，他开始东征西讨，试图重整窝阔台汗国的势力。尽管窝阔台的领地并不集中，而是分布在中亚、漠北和甘肃的多个地区，地理上的分散让窝阔台汗国更加难以整合，海都的崛起让这一切有了变化。

海都不仅具备了强大的军事才能，他还立志夺回失去的领土，不仅仅是中亚和河中地区，还企图控制漠北草原，甚至一度向中原进军。海都坚信自己才是蒙古汗国的真正继承人，认为蒙哥背离了祖先的遗训。

海都于1256年扣留蒙哥的使者，双方开始频繁发生摩擦。1259年，蒙哥在四川重庆被宋军击败身亡，弟弟忽必烈和阿里不哥展开了对汗位的争夺。忽必烈采用不择手段的手法，在开平篡位，导致蒙古汗国陷入了激烈的内战，而海都则支持阿里不哥，向忽必烈发起挑战，双方展开了长达数年的恶战。

1268年，忽必烈发动大规模攻势，进攻南宋，并改国号为“大元”，意图统一中原。在此期间，海都则专注于西域和漠北的战争，连续对元朝形成强大的压力，双方进入了长期的对峙状态。海都的进攻让元朝陷入了巨大困境，甚至元朝的祖宗之地——蒙古汗国的都城和林都被占领，忽必烈的亲王那木罕也被俘。

1294年，忽必烈去世，海都仍然处于壮年期，继续指挥大军与元朝交战。1298年，忽必烈的女婿、元朝的主力将领阔里吉思在西域战败被俘，元朝的西域领土岌岌可危。为此，元成宗指派海山出征西域，负责对抗海都和察合台汗国。

海都在征服中亚时，察合台汗国已完全变为附庸，笃哇大汗对海都言听计从。元朝面临两大敌国的夹击，海山采取了“筑城战术”，采用持久战和消耗战的策略。元朝国内也因此动荡不安，为了维持战争供给，元朝大肆征税，甚至滥发货币，民众生活困苦。1301年，海都与笃哇联手，再度越过阿尔泰山，发起了数次攻势，尽管海山最终取得胜利，但战局对元朝来说也是一次极大的消耗。

在这场历时数十年的厮杀中，海都终于在阿尔泰山之战中阵亡，而笃哇也重伤垂死，元朝虽胜，但元气大伤。海都的死亡并未意味着察合台汗国的彻底失败，察八儿继位后继续与元朝激烈对抗。最终，1306年，海山发动突袭，越过阿尔泰山，重创窝阔台汗国，察合台汗国也开始反叛，几十万蒙古骑兵被元朝俘虏。

最终，在1309年，察八儿在无路可走的情况下投降元朝，获得了汝宁王的封号，窝阔台汗国的残余势力也随之消失，延续了58年的历史走向了终结。