1975年，陈先瑞担任了北京军区的政委，并随后调任成都军区继续担任这一职务。面对这样的调动，外界普遍认为这只是一次非常普通的人事调整，然而背后其实隐藏着更多复杂的原因。

自1961年他在北京军区担任副政委以来，陈先瑞的心中充满了激动与自豪。他深知北京军区的重要战略地位，因此能在此工作，他感受到这是组织对他的信任与期望，他决心通过自己的努力去回报这份重托。

在正式上任后，陈先瑞很快便投入到军区的民兵建设工作中。他着手进行了一系列基础调查，着重强调两项关键工作：首先，要确保各级人民武装专职干部的合理配置，以此来夯实民兵基础；其次，要强化民兵训练，训练的内容以游击战为主，熟悉武器使用、近战及夜战战术等。随着时间的推移，他的努力也得到了上下的认可，民兵工作的开展效果显著。

然而在那个政治风云变幻的年代，军区内部的高层领导却并不稳定。军区司令员杨勇与政委廖汉生相继被动边缘化，郑维山与陈先瑞接管了军区的日常工作安排。到了1969年，两人正式被任命为司令员和政委。随着1970年郑维山的再次被边缘化，司令员职务转交给了李德生，而李德生兼任总政治部主任，陈先瑞则负责军区的日常事务。

在担任政委的过程中，陈先瑞面临着许多挑战，开展工作并不顺利。一些人对他提出了山头主义和宗派的批评，认为军区内存在排外现象。在1968年至1974年间，陈先瑞多次被指责与郑司令形成了不当的对立关系，甚至有人称他为“副窝主”。

1974年，在批林批孔运动中，有人控诉陈先瑞不移情积极，并无中生有地指责他。这让他的工作境遇变得非常艰难。最终，1975年他被调离，前往成都军区任政委。

在离开前，叶帅特意找他进行了一场谈话，嘱咐他在新单位多听、多问，尽量了解情况。他意识到这将是一个全新的环境，很多事情自己并不熟悉。因此，他在抵达成都后，积极下基层调查，与6、7名政工干部深入交流，认真了解部队士兵的生活和工作情况。此外，他在成都的前两个月里，计划着要开展一系列大的工作，却因病情复发而不得不返回北京。

在北京的恢复期间，他在近两年的时间里逐步恢复了健康，之后于1979年再次投身工作。这一次，他被调任兰州军区担任顾问。回想自己在成都军区任职的四年，陈先瑞感到非常遗憾，因为实际的工作时间并不长。

对于这段时间的经历，陈先瑞在反思中认识到，虽然自己在某些方面可能有不当处，但他从未说过有悖良心的话，更没有做过伤天害理的事。他明白，问题主要在于思想认识与执行指示方面的差异，自己其实在批评声中逐步成长。

1979年，陈先瑞将他的报告提交给中央，随即接到总政部主任韦国清的谈话。韦国清表示，陈的报告写得非常真诚，客观且实事求是，这给了他增添了不少信心。