1949年，军队进行了全军统一的改编，原东野（东北野战军）被改编为四野（第四野战军），下辖四个兵团，每个兵团都配有两名副司令员。在这些兵团中，15兵团由邓华担任司令员，洪学智和贺晋年分别担任第一和第二副司令员。这三位领导干部的晋升并非偶然，他们大多是在过去的纵队中担任司令员时表现出色的。邓华曾是7纵司令，洪学智则是6纵的司令，贺晋年则是11纵的司令员。类似的例子也出现在其他兵团中，像12兵团、13兵团、14兵团的副司令员，大多也是从纵队司令中提拔而来的，其中不乏一些耳熟能详的名字，如3纵的韩先楚，2纵的刘震，1纵的李天佑，8纵的黄永胜等。

在所有副司令员中，贺晋年虽然担任纵队司令员的时间最短，却能够在兵团级别的指挥体系中占有一席之地，这足以证明他的能力和独特的军事素质。贺晋年出生在陕北，早年便投身红军，在抗战期间一直在陕北执行警卫任务以及负责剿匪工作，身经百战，积累了丰富的作战经验。抗战胜利后，他被调往晋绥工作。1946年8月，正值内战愈加激烈之时，他被从关内空降到东北，担任合江军区司令员。与其他提前进入东北的将领相比，他算是最晚的一位。其他许多将领大多在1945年年底之前就已开始向东北调动，而贺晋年则是在战局紧张之时才被空降过去。或许正因为他在剿匪方面具有丰富经验，才使得他被选中负责东北的合江军区，这一地区当时的匪患较为严重，局势复杂。

合江军区在他到任前，尽管取得了一些成效，歼敌7000多人，但仍未从根本上改变匪患的局面，尤其是四大土匪头目依旧活跃，给整个战局带来很大隐患。贺晋年上任后，迅速与省委书记张闻天紧密合作，根据省委新的剿匪方针，采取了一系列战术调整，包括部队扩编和战略调整。经过了五个月的艰苦努力，匪患最终被彻底肃清。至1947年，东北的整体局势得到了显著改善，无论是合江、黑龙江军区还是嫩江军区的后方匪患几乎全部肃清，整个东北的后勤支持也稳定了下来。

随后的几个月，贺晋年参加了多次战役，特别是在江南地区进行了三下江南、四保临江等战斗，成功粉碎了敌人的攻势，歼灭了大量敌军有生力量。随着后方稳定，前方也逐渐具备了进行大规模攻坚作战的条件。随后，贺晋年被调任骑兵纵队司令员，但由于骑兵纵队的规模较小，他的任期并不长。接着，他被调往7纵担任副司令员，协助邓华指挥作战。在冬季攻势中，贺晋年担任了7纵指挥的重要角色，尤其是在四战四平战役中，邓华因身体原因暂时在哈尔滨休养，贺晋年接管了指挥工作。

冬季攻势后，随着第三批野战纵队的组建，贺晋年被调往11纵担任司令员。11纵的组建与冀察热辽军区有密切关系，虽然通常这类部队会从冀察热辽的部队中提拔干部，但贺晋年凭借他在合江军区以及副司令员岗位上的表现，获得了总部的青睐。作为一名经验丰富的指挥员，他被任命为11纵司令员。11纵成立后，经过了长达半年的整训，直到辽沈战役时才投入到实战中。11纵与4纵一道，在塔山一线坚守防线，直至锦州战役结束。随后，4纵和11纵没有参加辽西会战，而是继续坚守防御阵地，直到辽沈战役的尾声。

在平津战役结束后，贺晋年被提拔为15兵团的副司令兼军长，他从东北一路打到了广东。新中国成立后，贺晋年被调任东北军区副司令。值得注意的是，当时的东北党政军一把手正是他过去的老战友，这也许与他被调往东北有一定关系。1954年，贺晋年经历了一次重大事件，1955年授衔时，尽管他在资历和能力上都符合上将的条件，但最终他被授予了少将军衔。如果他当时没有被调往东北军区，是否会获得更高的军衔，至今仍无确凿的答案。