明代自永乐迁都北京以及宣德年间起，逐步确立了“两京制”，即以北京为首都，南京为陪都。南京作为历史故都，虽然没有皇帝居住，但各类官署基本完备。由于南京与北京相距甚远，朝廷如何有效控制陪都成为一大难题。

早在永乐十一年，成祖朱棣北巡时便下令让靖难之功臣永康侯徐忠协助太子留守南京，管理南京军务。由此，南京“守备制度”初现端倪，标志着陪都军事管理的雏形开始形成。

成祖最后一次北征途中逝世，仁宗即位之际形势严峻。为稳固南北两京，尤其是在南京无皇室驻守的情况下，仁宗认为必须由勋戚镇守以彰显皇权，这正是南京守备制度诞生的根本动因。

不过，将南京托付给勋戚仅为权宜之计，皇帝并不完全放心。为防止权力过于集中，仁宗采取了制衡措施，除了派遣勋戚守备南京外，还安排多名守备太监，以及由文臣担任南京参赞机务，形成多重监督体系。

换句话说，南京最高军政长官由守备大臣、守备太监和参赞机务三职共同组成，互相牵制，防止权力滥用，确保朝廷对陪都的有效控制。

当然，这些职务的设置有主次之分。仁宗朝时期，守备勋臣在南京的政治地位名义上最高，且通常配备一名协守勋臣，作为守备勋臣的副手，协助管理军务。

明代历史上第一位南京守备勋臣是襄城伯李隆。据史料记载，李隆镇守南京期间，官僚上下无不敬畏他，其政治地位极高，权力也极为显赫。

仁宣两朝，凡是被派往南京担任守备大臣的，均是皇帝最信任的心腹勋臣。比如成化、弘治年间的成国公朱仪，不仅深得两朝皇帝宠信，南直隶的军政、民政及漕运事务只要他一上奏，皇帝皆会批准。

然而，守备勋臣虽是名义上的南京军政最高长官，但自明中期起，守备太监作为皇权的直接代表，才是实权人物。明代重用宦官，京师有司礼监制约内阁，边疆有监军太监监督将领，南京守备太监权势逐渐超越守备勋臣。

南京参赞机务最初只是守备勋臣的辅佐官。参赞一词本身即含有协助、谋划之意。明初时，许多文臣担任参赞军务，辅助军政。

随着“以文统武”政策的推行，文职大臣多兼任总督、巡抚、提督等高官衔，并受赋予节制武职的权力。南京参赞机务由兵部尚书兼任，权势日益增长，甚至在一定程度上压制守备勋臣。

例如1644年李自成攻陷北京后，江南官僚以史可法为首，暂时掌握军机大权，史可法正是兵部尚书兼南京参赞机务。

成化二年，朝廷正式设立武职操江提督，专责南京及周边长江下游的巡防和盐政管理。操江提督一职自设立起直到明朝灭亡，始终由勋臣担任。

操江提督权力重大，位列南京守备体系第四位。皇帝对其人选极为慎重，历任提督多出身皇室近亲勋贵家族，且多有为皇室效力的显赫功绩。

如陈韶的哥哥绥安伯陈埙，曾随英宗于正统十四年土木堡之变殉国，陈韶继承爵位后获成化皇帝重点栽培，担任操江提督。

又如成山伯王琮，系成山侯王通之子，王通曾督建明成祖长陵，土木堡变乱时护卫天寿山陵，功绩显著。王琮获英宗封为成山伯，世袭其爵，后出任操江提督。

皇帝之所以选任亲近勋臣为操江提督，表面上是加强南京江防，实则意在确保盐政税收。盐课历代王朝皆为重要财源，成化初年长江下游盐贩横行，设立操江提督以严厉打击盐贩，保障财政收入。

由此可见，南京虽为陪都，距离首都遥远，但皇帝通过守备大臣、守备太监、参赞机务三方分权制衡，联合操江提督一职，共同管理南京军政大小事务，确保皇权得以延伸和巩固。

至于南京六部及其他衙门，多属闲置机构，几无实权。通常担任南京六部尚书的，往往是失势官员，表面上是体面安置，实质上是将其逐出朝廷权力核心，委以“养老”之职。