在1696年，大清帝国与准噶尔汗国在昭莫多展开了一场决定性决战，这便是历史上著名的昭莫多之战。康熙帝亲自率领十万大军，围剿噶尔丹大汗领导下的准噶尔汗国。经过一场激烈的战斗，清军成功大捷，噶尔丹大汗的部队遭遇惨败，他本人在逃亡途中最终选择自尽。这场战役彻底摧毁了准噶尔人的野心，尤其是他们企图夺取外蒙古的计划。借此胜利，清军不仅驱逐了准噶尔的侵扰，也成功将喀尔喀蒙古地区的180多万平方公里的土地纳入了中国版图。从此，大清的军旗在漠北的广袤天空中高高飘扬。

尽管喀尔喀蒙古各部归附大清的时间相对较晚，但康熙帝依然给予了这些部落一定的自主权。他们不仅继续保持自己的统治结构，还能够保有独立的部曲。康熙更是通过一系列的经济援助和赏赐政策来拉拢喀尔喀的上层，旨在增强这些部落对大清的向心力和忠诚度。特别是昭莫多之战后，清朝与准噶尔的战争暂时告一段落，尤其是在噶尔丹死后，准噶尔大汗的继任者策妄阿拉布坦采取了不同的外交策略，放弃了敌对立场，改为对清朝称臣。漠北一时迎来了相对平静的时期。

进入1755年，乾隆帝看到准噶尔汗国内部动荡，趁机出兵消灭了准噶尔汗国，并成功捕获了最后一任大汗达瓦齐。清军的威名迅速传遍漠北，作为后勤支持基地，喀尔喀各部也承担了相应的作战任务。有的部队参与了直接作战，有的提供粮草支持，还有的负责守卫后方。而为了保障清军的后勤，漠北地区的驿站和兵站网络被加固，这为清军的作战提供了强有力的后勤保障。然而，高强度的战事也加剧了喀尔喀部落对清朝的不满，尤其是在物资征集、兵员调动等方面，这使得喀尔喀与大清之间的矛盾愈发尖锐。

不久后，原准噶尔汗国的降将阿睦尔撒纳在准噶尔旧地发动叛乱，乾隆帝不得不启动了第二次西域征讨行动。这次征讨的规模远大于上一次，喀尔喀部落在其中承担的任务也更加繁重，随之而来的不满情绪也更加严重。1756年4月，喀尔喀的亲王额林沁多尔济因战斗表现不佳被乾隆处死。消息一传到漠北，喀尔喀各部的愤怒情绪迅速蔓延。趁着这一机会，喀尔喀王公中最有声望的亲王之一、清朝的喀尔喀将军青衮杂布决定起义，借着阿睦尔撒纳叛乱的东风，提出恢复成吉思汗荣光的口号，号召各部响应。青衮杂布的起义迅速引发了喀尔喀各部的响应，尤其是在清军主力集中西域与阿睦尔撒纳作战的时期，漠北地区的兵力显得极为薄弱。青衮杂布迅速占领了漠北大部分地区，甚至有脱离大清独立的迹象。

青衮杂布还采取了破坏清军后勤补给的策略。他下令撤销了阿尔泰地区的所有卡伦（哨所与兵站），并将伊勒伯尔至库尔特地区的粮草站、兵站和驿站全面撤回。更为严重的是，他还召回了所有驻扎在阿尔泰通往伊犁的喀尔喀军士，导致清军前线与后方的联系完全断绝，后勤保障出现严重问题。史书上记载：“十六驿二十九驿一时尽撤，羽书尽断”。在这种情况下，青衮杂布趁机攻打乌里雅苏台的清军大营，同时还发起了对库伦和恰克图等重要重镇的攻击。漠北局势一度陷入失控状态，这一事件被史称“撤驿之变”。

乾隆帝收到漠北的军报后，迅速召集御前会议，并决定采取果断的措施。首先，他派遣第三世章嘉呼图克图出使，试图劝说喀尔喀精神领袖哲布尊丹巴不要支持青衮杂布。与此同时，乾隆也从内地和东北调集八旗和绿营兵精锐，迅速赶往漠北平叛。经过一番政治和军事上的双重打击，青衮杂布最终战败，并在1757年于外蒙与沙俄交界处的杭哈奖噶斯被捕。乾隆帝将青衮杂布及其两个儿子以及所有同党全部处决，彻底平定了这场叛乱。

撤驿之变之后，乾隆深刻认识到，必须彻底改革漠北的治理政策，以杜绝类似叛乱的发生。为此，乾隆在喀尔喀设立了库伦办事大臣，并在此驻军，强化对漠北的控制。同时，他还在科布多和唐努乌梁海建设了大营，三者共同组成了防线，有力捍卫了漠北的稳定。从此，直到清朝灭亡，漠北再未爆发大规模叛乱。