1963年,杜平从沈阳军区副政委升任南京军区政委,并排在了第七位。当时南京军区设有七位政委,这让人不禁猜测,杜平的调动是否显得有些多余。事实上,这七位政委中,四位同时兼任上海、江苏、浙江和安徽的第一书记,真正专注于军区工作的只有三位。而第二政委唐亮的健康状况不佳,军区的日常事务大多依赖萧望东和杜平共同处理。到了1964年和1965年,唐亮因健康问题离休,萧望东也被调离,杜平因此承担起了军区的大部分工作。 1974年,杜平因工作上的一些原因遭到了各方批评,精神上也极度疲惫,最终因心脏病住院。令他没有想到的是,休养一个月后,他收到了被免去省委书记、军区政委以及军区党委第三书记职务的通知。虽然免职理由是因为生病,并且承诺身体恢复后会另行安排,但杜平对此感到无奈,只能接受这一决定。他的儿子在回忆录中提到,有人早就希望他离开这个职务,只是之前没有足够的理由,恰好这次杜平因病休养,某些人趁机向上级提出了免职的建议。 失去了职务的杜平只能在空闲时散步或写字,身体逐渐恢复,但心情始终低落。因为在当时的社会背景下,他不仅面临自己命运的选择,还关系到国家的未来。在那段时间里,他并未出现在任何社交场合,即便是外出散步也总是清晨早早出门。杜平的儿子回忆那时的父亲,满脸忧虑和焦虑。 尽管杜平暂时失去了职务,但也因此免于一些复杂事务的干扰,减少了批评的声音。由于工作负担的减少,他的身体恢复得更加良好。直到1977年,随着身体状况明显好转,他前往北京进行体检。在那里,他偶遇了总政部副主任梁必业,后者认为杜平的身体状况已恢复,符合再次担任职务的条件,建议上级将他调到福州军区担任政委。福州的气候宜人,杜平对此表示考虑。后来他见到了叶帅,叶帅问他有什么要求。杜平表示,他在南京军区已经工作和生活了十多年,愿意继续留在原地。最终,杜平再次被任命为南京军区政委,恢复了之前的职务。
然而,杜平重新上任时,上级已将廖汉生任命为军区的第一政委。廖汉生于1975年从军科院调任为政委,而那时杜平已经处于赋闲状态。经过两年的工作,军区的司令员更换为聂凤智。由于杜平的身体状况不适合承受高强度的工作,1980年,廖汉生被调往沈阳军区,随后新疆军区的司令员郭林祥被任命为第一政委,而杜平仍然担任政委,直至1982年。随着干部年轻化的呼声日益增高,加之杜平的健康问题日益严重,他最终选择了离开一线岗位。