在清朝同治年间，陕西和甘肃地区相继爆发了大规模的回民反清起义，这场运动迅速波及到陕甘宁青新等广大地区，成为清代中后期中国社会的重大事件。西北回民反清的根源，可以追溯到回族社会组织化的进程。随着回族社会逐渐发展，教派之间的纷争也愈发加剧。回民们最初对政府抱有信任，希望政府能够公正解决这些教派之间的争斗。然而，清政府对回族教派冲突持高度警惕态度，处理这些纷争时往往缺乏公正性，这使得回民与政府之间的矛盾日益加深。

从乾隆年间的苏四十三起义中，我们便可看到这种矛盾逐渐加剧的趋势。回族社会经历了多次失望，最终逐渐对政府失去信任，教派冲突从最初的械斗，发展成了残酷的民族仇杀，最终演变为大规模的反清运动。学术界对这场运动的性质存在不同的看法。一些学者认为它是一次反抗民族压迫的民族革命，而另一些学者则认为，这场运动本质上是一次反抗清朝政权代表的封建地主阶级的农民革命。

在反清运动失败后，清朝政府为了维护统治的稳定，开始对投降的回民进行善后处理。这些措施涉及到许多回民群体，每个群体都有不同的背景和故事。首先，我们可以看看李得仓、崔伟、毕大才部的情况。

同治六年三月，作为回民代表的李得仓派遣副帅苏生杰前往西安与左宗棠商讨安抚事宜。在经过一番谈判后，左宗棠同意了他们的归降请求。到了同治九年正月，李得仓怀着忐忑的心情前往平凉与左宗棠会面，这次会面让李得仓得到了左宗棠的赏赐，并被授予花翎，钦封武翼都尉。他所率领的部队共有六万多回民，安置这些回民的过程充满了艰辛与波折。原本计划安置大约一万人在西吉、海原、固原等地，但由于进展缓慢，疾病和饥荒的困扰，约两万人不幸死于这场安置之中。最终，约一万人成功安置在这些地区，另约3.1万人则被安置在张家川的南八营中。

当时担任巩秦阶道的张瑞珍负责执行这些安置工作。他根据政府的规定要求回民们回归正常生产生活，并严格要求李得仓约束部众，绝不允许他们骚扰当地的汉民。李得仓返回张家川后，一部分当地回民因为自己的家舍依然存在而选择回到原来的村庄。但也有一些回民，由于家园被毁或者距离回民聚居区太远，选择借住那些在战乱中逃亡的汉民留下的住所暂时安顿。

同治十一年，在西宁战役后，西宁地区有一万多名陕回，崔伟、禹得彦、毕大才等回民领袖看到局势变化，纷纷表示愿意归降清朝。这一举动带动了大约两万名陕回前来求安抚。这些回民被分为三批，从同治十二年正月开始，陆续安置在适合的地方。其中，崔伟和毕大才的部队加起来的家眷接近一万人。在正月二十一日，他们从省城出发，前往清水县进行安置工作，由李得仓负责。崔伟部被安置在清水县的恭门镇一带，毕大才部则被安置在秦安县的龙山镇和北山梁一带。在安置过程中，还发生了一些不愉快的事件。例如，有回民家属前往清水县松树镇安置时，当地的堡众出来阻止，双方僵持不下，最后还是由官府介入解决了这场争端。

再来看金积堡回民的情况。金积堡在被攻破后，左宗棠下令要求起义军交出所有武器，并命令各统领将堡内回民限期迁徙，方便清理和区分。刘锦棠等人按左宗棠指示，对回民进行安置。他们将王洪堡的回民安置在灵州城附近，将马家河滩的回民安置在张家圈。刘锦棠还派人挖掘堡墙，在过程中发现了多达1200支枪炮。但也有一种说法称，刘锦棠为了替父亲松山复仇，杀害了马化龙，并称金积堡北城藏有大量武器，借此指责马化龙不诚心归降，并上报左宗棠。被安置的回民和何生洲部的总人数为1800多人，其中包括一些伪官，像王六、马寿等80多人被处以极刑。

此外，还有贸易侨寓和被掳的甘回三千多人被解送至平凉安置，金积堡的老弱妇女一万二千多人被送往固原州分拨荒地安置。收缴的金银铜钱大约有19万两，一部分被作为军队赏赐，剩余的则用于购买粮食和水，帮助迁移到张家圈的回民，并用于修渠和采买麦种等。 同治九年，陕西回民陈林等人归降后，其他陕西回民也受到影响，纷纷前来归降，最终宁灵一带的回民几乎全都消失。此前，清政府在平凉县曾安置过一些回民，并拨给粮食，但当地的荒地虽多却并不连片，且平凉地势险要，不适宜大量安置回民。而化平川则土地肥沃，水源丰富，人口稀少，非常适合安置回民。 冯邦棅在化平镇进行了一系列安置工作。他为回民按户发放粮食，丈量土地并分配房屋、窑洞，还采购了适合种植的种子，酌情发放了耕牛、骡马，监督回民开垦耕种。原本的汉民在同治十年设立厅后，幸存者寥寥，几乎都被回民所取代。回汉两族的风俗差异也显而易见：回民注重商业，崇尚阅读经书；而当地汉民风尚俭朴，重农轻商。 同治十一年三月，左宗棠上奏朝廷，正式批准马占鳌归降清朝。此后，陆续有回民前来归降。根据《甘肃河州招回难民花民清册》的记载，从同治十二年三月初到月底，甘肃河州南乡振抚局共接纳了2095户回民，其中男丁3610人，妇幼5188人。地方官按照规定对这些回民进行了安置，分发土地、耕种，并且对战争中被迫成为回民的汉民进行了记录和安置。 在回民的安置过程中，清政府还实施了一系列严格的管理措施。例如，回民外出需持护照，禁止随意外出；不允许开设商铺或居住在城市；禁止私藏军械及养马。此外，清政府对回民聚居区进行了县制改革，并对金积堡和水利设施进行调整，同时增设了官职和机构，试图加强对回民的管理。 这些迁徙和安置的政策虽然在短期内维持了清朝的统治，但也激起了回民的反抗。尤其是陕西回民，人口在战争中大幅减少。根据记载，1861至1880年，仅西安一地的回民人口就减少了约232万，其中大部分死于战争。甘肃地区的回民分布也发生了变化，宁夏、兰州等地的回民损失惨重。尽管如此，回民的社会生活、宗教信仰等方面依旧受到深远影响，这些影响至今仍可见踪影。