唐高祖李渊的武德九年六月初四，李世民发动了历史上著名的玄武门之变，这场权力的斗争在血腥的屠戮中揭开序幕。李建成、大哥李建成与四弟李元吉，以及十名李渊亲侄子都在这场兄弟之间的厮杀中丧命。瓦岗军的英雄们也在这场纷争中站队，分成了三派：太子李建成的支持者魏征毫不犹豫地站在太子一边，徐懋功（已被李渊赐名为李世勣）则在这场大变前后保持中立态度，而张亮毫不犹豫地选择了支持李世民，程咬金虽然事先曾对李世民提出劝告，但他最终未曾现身于这场变革之中。

至于秦琼是否参与了这场惊天变故，正史《旧唐书》和《新唐书》都有明确的记载，但两者之间的记载却产生了不小的矛盾。如果我们仔细审视《旧唐书》中的记载，就会发现其中的疑点。

《旧唐书·卷二·本纪第二·太宗上》记载道：“九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”但同一部书中的《旧唐书·卷六十五·列传第十五》又给出另一版本的描述：“（长孙）无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”

当时唐朝的宫廷档案（例如高祖实录）被李世民进行过修改，后世修史所用的本纪可能来源于宫廷档案，而列传的内容则往往参考了文人和武将的个人笔记、墓志铭等资料。唐代的笔记文化非常流行，史官们私下常会记录下自己对某些事件的看法，但这些内容并不一定会成为正史的一部分。因此，两唐书的史料中难免存在诸多出入。

深入分析两唐书时，我们不难发现秦琼的官职也存在一些问题。正史表明，秦琼是在玄武门之变之后才被封为左武卫大将军，而在变前他只是秦王府的“右三统军”。然而，秦琼自唐高祖李渊武德三年与四年就已经被授予上柱国、翼国公等高位，这样的勋位和爵位显然不可能是秦王李世民的家将。

熟悉唐史的读者会知道，李渊的两个儿子——秦王李世民与齐王李元吉——都曾被允许拥有一批私兵和家将。特别是秦王李世民和齐王李元吉分别在府中设立了左右六护军府、左右亲军府等多个机构，每个机构都配有一定数量的军官和副职，负责管理驻军和军事事务。如果秦琼真如史书记载，他在李世民府中的位置不应如此低微，尤其是在他已经拥有显赫的官职和爵位的情况下。

仔细研究史料，我们还发现一个新问题——在玄武门之变后，秦琼的功劳不断增加，但官职却不断缩小，这让人更加疑惑。相比之下，其他瓦岗旧将如王伯当早在武德元年就已经被李渊封为左武卫将军，这与秦琼的情况形成了鲜明的对比。

综合分析这些史料，我们可以推测，包括秦琼的左武卫大将军在内，他的所有官职和封号都是李渊授予的。史书中将这些事宜归功于李世民，显然是想表明秦琼在玄武门之变中支持李世民。实际上，若秦琼真是支持李世民，史书中的记载本应更加详细——毕竟像秦琼这样的“天下第一高手”若在玄武门之变中有所表现，历史记载必定会有更加丰富的描述。

《旧唐书》与《新唐书》中对秦琼是否参与玄武门之变的记载仅仅是一笔带过，而且在内容上存在矛盾。这使得我们只能从其他史料中寻找线索。例如，《隋唐演义》与《说唐全传》并未明确涉及秦琼的角色，而《隋史遗文》则提供了一个不同的视角，描述了秦琼在玄武门之变前已经明确表态——他选择了中立，因而以生病为由未参与其中。《隋史遗文》写道，秦琼因为多年来的战斗伤病，选择在家中静养，拒绝卷入这场兄弟之间的血腥争斗。

虽然《隋史遗文》并非正史，但它对玄武门之变的描述与史书相吻合，尤其是对房玄龄、杜如晦等人的消极态度的描写。即使我们不参考《隋史遗文》，单从两唐书来看，秦琼的态度也显现出他对李世民有些许意见，且对李建成则抱有感激之情。毕竟，秦琼的战友罗士信正是在李世民的指挥下被刘黑闼所杀，而李建成在魏征的策划下为秦琼报仇，清除掉了刘黑闼的威胁。

可以推测，秦琼作为忠诚的武将，应该不会选择在这种家庭内斗中站队。如果他必须选择一方，可能会选择太子李建成而非秦王李世民。毕竟，李建成曾替秦琼报仇，若当时李建成胜利，史书可能会记载“秦琼从诛秦王世民”。

总而言之，秦琼的选择似乎更倾向于保持中立，他的身份与品格使得他更愿意避免卷入这场血腥争斗。