解放战争时期，在军事上担任纵队司令后转为政委的情况并不常见，但在东北民主联军中，万毅就是这样一位特殊的例子。1947年5月，东总决定将万毅从1纵的司令调任为1纵的政委，并特意叮嘱他：“可以不管政治工作，但要学习打仗。”这句话透露出一个信号，万毅的军事能力可能存在不足，需要进一步提升。

万毅与吕正操都是来自东北军，二人在职务和资历上相近，入党时间也相差不多。然而，吕正操在抗战初期便加入了革命，参与了冀中根据地的建设，贡献突出，因而在军衔和职务上得到了更多的认可。相比之下，万毅直到1943年才加入革命，且先后编入了渤海军区，时差五年多，使得两人在军史上的地位和影响力也有所差距。

在国军序列中，万毅曾担任旅长，所领导的部队按建制划分为两个团，后来加入八路军，参与了反顽斗争，期间他得到了罗荣桓的重点培养。罗荣桓不仅让他指挥四个团的作战，还安排了梁兴初等资深将领协助，逐渐锤炼了万毅的军事指挥能力。随着战局的发展，万毅在七大后当选为候补委员，这意味着他有权直接向中央提出建议，与粟裕、陈赓、萧劲光、黄克诚等重要军事人物并肩。

在反顽斗争期间，万毅感受到上级对他的高度重视和培养。一次在负伤后，罗荣桓得知情况，立即派人送来急需的药品，帮助他恢复，这种急需药品通常是为高层领导配备的，足见上级对他的关照。

抗战胜利后，万毅作为东北人，率领一支主要由东北和山东籍战士组成的队伍，成立了东北挺进纵队。随着部队逐步壮大，万毅成为了东北民主联军第七纵队的司令。1946年8月，1师、2师和万毅领导的七纵部分合并，组成了东北民主联军的第一纵队。1师和2师的根基都来源于红军，特别是1师，它的历史可以追溯到红3军团，战斗经验丰富，梁兴初指挥下更是屡战屡胜。

1纵在战争中屡获佳绩，尤其是在“三下江南”战役期间，1纵与兄弟部队共同作战，歼敌超过8000人，表现卓越。战后，总部曾对1纵一师、二师的表现给予高度评价，然而，随着战役的结束，万毅却被调任到其他岗位。这一调整表明，尽管万毅有很强的作战能力，但在一些大规模的攻坚战中，指挥经验仍然不足。

随着“三下江南”战役和“四保临江”的结束，战局逐渐发生转变，部队进入了整训阶段，总部召开了纵队和师级参谋长会议，布置了接下来的作战计划。在这些战斗中，东总强调，必须敢打硬仗，才能彻底扭转战局。因此，接下来的任务是消灭敌人，夺取中小型城市，而这些战斗必然会涉及到攻坚战。

不过，万毅并不擅长攻坚战，并且在大兵团指挥方面的经验有限。考虑到1纵过去的战斗经验和作战能力，尤其是1师和2师的战斗力，决定调换司令，以便为即将到来的大规模攻坚战做准备。因此，上级决定将松江军区司令李天佑调任1纵司令，而万毅则转任松江军区司令。李天佑是1师的老部队首长，熟悉其战斗特点，并且以擅长攻坚而著名，素有“攻坚小老虎”之称。

当万毅得知自己被调走时，他内心并不愿意，但他并不是舍不得纵队司令的位置。毕竟，他曾多次表示，自己是东北人，渴望在解放家乡的战斗中贡献力量。尽管后方的工作也非常重要，但他依然希望能亲赴前线。尽管总部的决定让他感到有些失落，但他明白，上级的决定出于对他能力的认识与培养，他的军事能力还需进一步提升。

在被调任为政委后，万毅并没有放弃学习，他紧跟李天佑的步伐，参与了多个攻坚战役，包括第三次四平保卫战等。他跟随李天佑指挥7个纵队和炮兵团，参与了这些艰苦的战斗，虽然最终四平战役以撤退告终，但万毅获得了宝贵的大兵团作战经验。接下来，万毅参与了秋季攻势与冬季攻势，任务虽然以打击敌援为主，但在这些任务中，他积累了更多的指挥经验。特别是在1948年3月，他与李天佑共同指挥，成功解放了四平。

四平解放后，万毅被调任为新组建的第五纵队司令，开始独立指挥作战。之后，随着辽沈战役的推进，万毅逐渐展现了自己的指挥才能，虽然在平津战役时并未亲自指挥，而是由副司令吴瑞林负责，但他依然参与了指挥的整体规划。战后，他被任命为特种兵纵队司令，准备南下作战，然而由于南方水网发达，机械化作战存在困难，因此他最终留在了北平。解放后的万毅，经历了频繁的职务调整，但他始终以坚定的信念和卓越的指挥才能，在解放战争中贡献着自己的力量。