1975年4月，经过七年的停职，傅崇碧终于接到了新的任职命令，调任为北京军区第一副司令员。这个时刻，军区的领导班子非常强大，司令员陈锡联、第一政委纪登奎、第二政委秦基伟以及四位副司令员和四位副政委共同组成了一支强大的团队。由于陈锡联在军委里工作，平时较少出现在军区，因此，纪登奎、秦基伟和傅崇碧三位书记共同承担起了军委工作中的全面职能，确保了军区的高效运转。

傅崇碧担任北京军区副司令员，实际上是职位的恢复。自1961年身体复原以来，他被任命为副司令员，工作了大约五年。由于卫戍区需要扩编，上级决定让他兼任卫戍区司令员。从那时起，他的工作重心便转向卫戍区，长期在周恩来、叶剑英两位领导的指导下开展各项工作。

在那动荡的时代里，政治形势极其复杂，许多地方及军区的主要负责人受到严重冲击，被迫集中到北京以便保护。而此时，承担着保护任务的正是卫戍区的部队，这是一份非常重要且敏感的职责，必须确保地方的造反派无法对这些老干部进行任何形式的冲击。卫戍部队时刻需要提升警卫力量，因为一瞬的疏忽可能导致严重问题的发生。

据说，宋任穷曾险些被人从六楼的窗户用绳子捆绑、吊下来进行斗争。数百名造反派曾试图揪斗许世友，他一度准备拿起武器进行反击。为了避免流血事故，卫戍区在此期间承受着巨大的压力。此外，许多老干部则被监护在不明真相的情况下，遭受不公正的对待和谴责。那些被看管的地方环境极其恶劣，生活条件堪忧，而监护人员并不负责审理案件，审理工作都由专案组来处理，他们对待监护者时往往毫不客气，甚至采取一些暴力手段。

多年后，有人闲聊时提起他在那个时期是名声显赫的人物，他只能苦笑，未曾多言。因为他心里清楚，如果真如外界所说的“红极一时”，那为何会被下放多年？他的子女在上学时也不得不改名避风。

1974年回到北京后，周恩来总理和叶帅、聂帅先后接见了他，甚至政治局的委员们也主动与他会面。但仍然存在一些反对意见，有人希望他不要留在北京工作，而是把他调到昆明军区、成都军区或广州军区。然而，周总理以及其他几位老帅并未妥协，坚定地要求他继续留在北京工作。

复出后，由于当时政治局势的复杂性，他在工作中显得格外谨慎。直到四人帮被粉碎之后，他的工作才逐渐步入正常轨道。1977年，他重新兼任卫戍区的工作，部分人对此感到紧张，因为在他受整时期，确实有人揭发过他，认为他说过错话，做过错误的事情，因此担心他会进行调查。为了团结大家，他决定对过去那些揭发自己的材料全部封存，绝不查看。他明白，翻旧账只会造成更大的隔阂，对工作毫无益处。