抗日战争胜利后，李先念的部队与王树声和张震的部队合并，组成了中原军区。这个新军区包括两个纵队和三个二级军区，而李先念担任司令员，郑位三则是政委，王树声作为副司令兼任一纵的指挥，王震则兼任参谋长。然而，曾在新四军第五师担任参谋长的刘少卿却感到尴尬，他并未被正式任命到任何职位。

从力量对比来看，李先念的部队无疑是三者中最强的，其次是王树声的部队，最后是张震的部队。刘少卿在第五师受到“总长”的称号，但未能在中原军区中获得相应职位，令人感到困惑。

说到这个问题，刘少卿心里是很不自在的。1945年1月，他被调往延安，理论上在第五师他有着重要的地位，负责多个领域的工作。虽然他在延安参加七大学习并汇报工作，但基层战斗需要他时，他也感到了无奈。但他仍心存想法，最终还是服从了组织的安排。不久，上级认为文建武更适合担任参谋长，刘少卿因此在第五师失去了职务。然而，当他抵达豫西并渡河时遇到困难，被迫滞留，随即与王树声的部队取得了联系并行动了一个多月。抗战胜利后，刘少卿也随之与李先念的部队汇合。

在中原军区组建之前，李先念曾找到刘少卿，表达了希望他担任军区参谋长的意愿，并得到了上级的认可。但是，刘少卿对此感到愤愤不平，认为自己失去了威信，无法再担任这个职务。因此，他发出了一些牢骚，最终李先念尊重了他的选择，决定由王震兼任参谋长。尽管刘少卿依然留在李先念身边协助工作，但他实际上没有正式的职务，这在后来的工作中也让刘少卿失去了发言权。

王震作为一个能力出众的人，长期在军政工作中负责各项事务，因此养成了独立做决定的习惯。但这也使得军区的首脑在某些情况下显得被动，特别是王震不在指挥部时，下面的人还是会寻找刘少卿的帮助。在一些军事行动中，李司令与刘少卿达成共识，但王副司令却有自己不同的考虑，导致一些战斗未能如愿展开。例如，在双沟镇的战斗中，第五师的战斗力相比于35旅较弱，他们希望359旅能够出手，但359旅刚刚参与完粤湘战斗，兵力有所损耗，认为如今的部队应该保护核心力量，而不是在小规模战斗中损失。

由于在军区领导班子中没有正式职务的原因，刘少卿无法坚持自己的作战主张。如果他当初做出了担任参谋长的决定，那么在作战指导方面他还能有所发言。1946年1月，随着停战令的实施，刘少卿被调往军调部工作。

他在北平的军调部工作时，敌人的阴谋也逐渐漏出水面，围绕中原军区调集了重兵。到了6月，敌军开始全面进攻，我军主力被迫向西两个方向突围。部队经历了艰难的封锁战斗，最终成功突破线。然而，这次突围的牺牲也是巨大的。

在这一危急时刻，刘少卿身处北平，并未能与战友们一同参与突围战斗。随着全面内战的展开，军调部的作用逐渐消失，我方人员最终撤回了延安。在后方养病一段时间后，刘少卿请求赴东北，但由于交通线封锁，他只得留在华东继续参与战斗。