1948年末，叶长庚被调往50军任第一副军长，得以从后方前往前线，这对他而言是一个实现了渴望的机会。然而，担任50军的副军长让他心中难免产生些许畏惧。首先，从职务等级上来看，此职位相比于他原来的职务是有所降低的，而从部队性质来看，50军是由云南起义的滇军构成，他对该部队并不熟悉，对在那里开展工作感到忐忑。

在长春解放前，50军原属于国民党第60军，由曾泽生统领，这支部队是云南部队中的一部分。针对60军的起义，我军付出了巨大的努力，最终使该部队走向了革命阵营，成功避免了更多的流血与冲突。经过改编后，50军获得了上级派遣的大量干部，逐步转变为一支真正的人民军队，叶长庚、徐文烈等人也被调入，为部队的发展添砖加瓦。

叶长庚一直在前线指挥作战，抗战结束后挺进东北，他被派往后方承担建设职责，并担任黑龙江军区司令员。后方的主要工作聚焦于剿匪任务，那个地区的匪患情况非常严重，上级曾派洪学智担任司令，专门加强该地的剿匪工作。剿匪工作结束后，军区的主要任务转向了土地改革、征粮以及扩充兵员等方面。

辽沈战役结束后，部队开始入关作战，上级决定将他调任副军长，考虑的因素显然不少。尽管他在解放战争期间担任的职务不低，但并未参与主力部队的作战。与曾担任合江军区司令的贺晋年和政委方强这类人物相似，他们转向主力工作时也多是从副职或地方部队提高上来的。他曾向黄克诚表达过想要重回前线作战的渴望，而老首长则告诉他后方工作同样重要，因此并建议他安心在后方继续工作。如今部队急需人手，加上他的军事指挥能力和丰富的经验，使他在此关键时刻显得尤为重要。

改编成50军后，该部并未立即参加平津战役，而是集中力量加强整训，包括思想教育和军事技能方面的提升。1949年，经过平津战役的洗礼，四野的部队开始向中南地区进军，而50军的使命则是向西南挺进。值得一提的是，那时的大西南尚未完全解放，50军南下云贵川，不仅可增强我军的军事力量，还能够在政治上发挥积极影响，促使更多滇军加入革命阵营，以期和平解放西南地区。

在南进大西南的过程中，二野成为主力，四野的部分部队也参与了战斗，向胡宗南部发起了猛烈追击，战势如虹。在这场南下作战中，50军获得了显著的胜利，显示出顽强的战斗力。随着大西南的胜利解放，叶长庚从50军调离，转任西南军区后勤部运输部副部长。尽管他之前没有担任过后勤职务，但凭借在解放战争期间对于后方支援前线的丰富经验，让他在这个岗位上颇具优势。由于身体状况不佳，叶长庚在西南军区的后勤岗位上工作了一年后，便被调往江西军区担任副司令员。1957年，他因身体原因开始休养。