公元1644年，满清一举入主中原，取代了大明王朝。然而，尽管大明政权覆灭，仍有忠诚于明朝的势力坚持不懈地抗争，其中最为著名的便是占据福建沿海的郑成功集团。凭借福建沿海地势复杂、多山的特点，郑成功善于海战与山地战，屡屡击败清军，成为抵抗清朝的重要力量。尤其是在大清顺治十六年（1659年），郑成功带领10万大军攻打大明的陪都南京，这一举动震动了整个江南，几乎有望恢复江南的局面。但由于多方力量未能充分配合，再加上清军主力的及时回援，郑成功未能实现攻占南京的目标。最终，郑军在南京战役中损失惨重，元气大伤。清军趁机尾随追击，郑成功失去了漳州、泉州、潮州等重要根据地，最终只能退守厦门和金门等沿海岛屿，而物资匮乏成了他的一大困境。

在此情况下，郑成功迫切需要寻找新的根据地以确保军队的粮草供应。于是，他将目光投向了海峡对岸的台湾。为了重新获得一个稳固的立足点，同时也为了收复失土，郑成功在1661年亲自率领25000名精锐士兵，发动了收复台湾的战役。经过9个月艰苦的战斗，最终成功地将台湾从荷兰殖民者手中收回，台湾重新回归中华版图。郑成功凭借这一战役一跃成为民族英雄。

收复台湾后，郑成功致力于台湾的开发和生产，积极鼓励大陆移民前来，进一步巩固了自己的统治基础。与此同时，郑成功设想以台湾为基地，谋划反清复明的大业。然而，命运并未站在他这一边。公元1662年，郑成功因病去世，年仅49岁。其子郑经继位，并未能继承父亲的雄图之志。同年，南明永历政权覆灭，永历皇帝朱由榔被吴三桂弓弦勒死，南明最后一位英雄——晋王李定国，也因听闻此事郁郁而终。此时，大明彻底失去了恢复的希望，而这一年恰恰也是康熙元年，大清正迈向它的巅峰时期。

康熙二十年（1681年），经过长达八年的三藩之乱，大清最终平定了内乱，政权的稳定性得到了彻底保障。康熙大帝深知台湾在大清版图中的重要地位，因此，在三藩之乱结束后的同年，他便任命施琅为福建水师提督，姚启圣为福建总督，协同收复台湾。为了打击郑氏集团，姚启圣实施了严厉的禁海令，彻底切断了郑军与福建沿海的联系，大大削弱了郑军的作战能力。同时，施琅加强了福建水师的建设，改革海战训练，提升了水师的作战能力，并且大量建造战舰，招募精兵，水师的实力得到了显著提高。

到了康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅率领一支由24000名官兵、大鸟船70艘、赶缯船103艘、双帆居船65艘组成的庞大舰队，从铜山岛出发，开始了收复台湾的战役。在厦门和金门一带，施琅成功击溃了郑军的刘国轩部，迫使刘国轩退守澎湖列岛。施琅紧追不舍，并于6月22日（16日）对澎湖展开了全面攻势，彻底击败郑军，歼敌12000人，俘获5000余人。此次战斗中，清军伤亡329人，伤者1800余人，但战船未受损，堪称大胜。

澎湖海战的消息迅速传至台湾，引起了岛内的震动。郑军大将冯锡范建议郑克塽（郑成功的孙子）逃往菲律宾，但刘国轩主张继续抵抗。最终，郑克塽在7月15日（9月5日）向施琅投降，标志着台湾的全面失守。施琅成功收复台湾，台湾正式成为大清的一部分，这一历史事件发生在大清入关整整39年后，标志着大清的版图得到了完整的统一。

台湾收复后，大清在台湾设立了台湾府，辖下台湾、诸罗、凤山三县，隶属于福建省，并派遣8000名兵员驻防，设立总兵、副将等职务，全面加强了台湾的治理。澎湖也有副将驻军2000人，确保了岛屿的稳定，台湾彻底纳入了大清中央政权的管辖。