1959年，邱会作被任命为总后勤部部长，然而他对总政治部一再向总后勤部派遣干部的举动表示明显的不满，曾多次对总政领导如萧华、甘泗淇、徐立清等人进行了激烈的反驳和争论。

自1957年总干部部并入总政部以来，军队各级干部的任免工作由总干部部统一负责。那么，当时总后勤的状况究竟是怎样的呢？在这一时期，后勤系统里老干部众多，许多都是经验丰富的老红军，尽管在战斗中积累了宝贵的经验，但由于其体力和精力普遍不足，加上文化程度相对较低，这种情况在备战时期无疑会对总后勤的工作效率产生直接影响。

由于历史的原因，新中国成立后，总后勤部开始集中利用一批老干部从事后勤工作。在战争年代，许多身体虚弱或年纪较大的干部被安排在后勤岗位，尽管当时情况也算人尽其用，但随着时间的推移，军队迈向正规化和现代化，后勤部在现代战争中的需求已显著增加。在这种情况下，为了适应现代战争的复杂局面，有必要让那些年轻有为的将领走上重要岗位。

然而，当时总政部不断向总后勤部派遣干部时，邱会作对此产生了极大的不满，曾因彭嘉庆的事情与萧华发生过尖锐的冲突。经过罗瑞卿总长的调解，彭嘉庆最终获得了到总后勤部任职的机会。

此后，在一次干部任免的讨论中，邱会作与甘泗淇副主任再度爆发了激烈的争辩。这次争议实际上非常简单，总后勤部有意提拔一位干部担任总后科学研究所的所长，负责科研工作。而甘泗淇对此表示疑惑，认为将一位专注于业务的干部调去从事科研似乎不太合适。

陈念棣在抗战初期参军，曾在新四军担任政工干部，主要负责组织和宣传工作。后来在解放战争期间，他转任后勤岗位，成为第9兵团后勤部政治部副主任以及志愿军后勤部宣传部部长。尽管他所在单位是后勤部门，但他依然负责政治思想工作。后来，他被调任为总后勤部科学技术部副部长，并在工作出色的基础上，被提拔为后勤科学研究所的所长兼政委。

对此，甘泗淇评价陈念棣是位优秀干部，这引来了邱会作的强烈反驳：“甘主任，难道从事后勤工作的人都是差劲的干部吗？”显然，甘泗淇并没有这个意思，他的真实想法只是觉得将陈念棣调到科研岗位上显得不够合适。然而，最后甘泗淇还是向邱会作道歉，解释说他的言辞不够妥当，自己并不是那个意思，希望邱会作不要误解。

邱会作在与几位资深的总政领导进行激烈交锋时，原因可谓有几方面。尽管他入伍时间不长，但身为军委办公会议的成员之一，他参与了军委的日常工作，当时会议成员仅有罗瑞卿、萧华、杨成武、萧向荣、张爱萍以及他本人，他在会议中拥有一定的话语权。虽然甘泗淇是总政部的副主任且为上将，但并非核心成员。此外，邱会作个人对总政一再向后勤部输送老干部的现象感到不满，这种行为已经影响到了他的工作安排。

当时，罗瑞卿总长对总政与总后勤之间的矛盾情况十分清楚，他也曾表示：“邱部长对总政提出的意见确实有其道理，过多让不再适合工作的干部在岗位上工作，对整体工作不利。总政部必须就老干部的安置问题制定出有效可行的方案。”

在接到指示后，总政部迅速提出了一项包括高级干部离职时待遇的方案，旨在让一部分干部主动离开岗位，休息调整。然而，这一措施实施的时间不长，实际效果也不尽如人意。直到1982年，领导干部终身制被打破，相关的离休待遇政策出台后，老干部问题才真正得以解决。