明朝时期是实行土司制度的重要阶段。虽然从明初开始对广西的土官实施改流政策，但效果并不理想，随后便恢复了土官对地方的管理权力。两广总督兼巡抚秦竑向朝廷报告广西土官的具体情况时，明孝宗回应道：“以后凡是土官之间有纠纷或互相仇恨时，便允许总兵官差遣人员，亲赴当地调查事情的原委，遵循当地风俗，以礼法教化他们，向他们讲明朝廷的恩威，务必使他们心悦诚服，化解矛盾，地方得以安定。”

广西的主要问题集中在土官间的矛盾冲突上，朝廷主要通过派遣流官，以宣扬皇权的恩威和礼法来开导土官，进而调停纷争。若仅仅派流官而废止土官的职位，反而可能激起非汉族群体的动乱；而保留土官，则能让当地少数民族信服，不轻易反叛。因此，明廷坚持不废除土官职位。然而，随着土官势力日益增强和非汉族群体的发展壮大，也使得中央对地方的掌控面临挑战，统治者因此忧心忡忡。

为此，明朝在非汉族聚居区设置流官以牵制土官，实现流官与土官的双重管理。王阳明在调令中提到，朝廷下派将领，将令牌交给土官，授权其领兵执行剿抚任务。此举既反映了朝廷对土官的信任，也显示土官对朝廷的忠诚。在桂西北，明朝官府频繁征调土官和土兵参与平乱，对于有功的土官、土目和土舍也给予奖励，体现出“以流制土”政策的具体成效。

当然，对于那些傲慢不驯、横行霸道的土官和土目，明廷则通过派流官辅佐监督，必要时严加惩罚，以维护朝廷权威。比如针对桂西北东兰、那地、南丹土官侵占河池州土地的行为，朝廷增派流官驻守河池要地，既限制土官的扩张，又保障当地百姓安宁。对永定长官司土官韦萌发的惩治，也体现了流官对土官的约束力。

韦萌发曾对僮人施以残酷刑罚，割去其双耳，按律应受惩处，被发配边疆戍守。虽非汉人，不能按汉律审判，但仍未免除处罚。韦萌发认识到大错已成，却为时已晚。最终被流官判入狱，连带其家仆皆遭杖罚，从此俯首称臣，桂西北地区方得以安定。

此外，嘉靖年间，庆远府知府王桥离职后，庆远府士人杨梁在《去思碑记》中称赞了王桥的功绩，并提及他与土官的互动，指出“又振励邓、韦、彭氏三土酋，与六堡控郡四隅，各扼贼冲。此公处变因时，用权合道，心乎诚以惠吾郡者。”可见流官管理此地仍依赖土官力量，守护重要战略要地。

总体来看，明廷在非汉族群聚居地区实行流官与土官双轨管理。朝廷颁令由汉官将命令转达给土官，由土官具体执行。同时，设立流官职位，由朝廷派官监管土官，确保土官权力受制。流官在地方治理中起协调作用，防止土官独揽大权，保护当地民众免受剥削。通过这种“流土结合”政策，既强化了朝廷权威，也促进了汉官与土官之间的沟通与合作。

到了清朝雍正时期，改土归流政策大规模推行，废除了大量土司，委派流官管理西南边疆民族地区，推动边疆地区逐步纳入中央内地体系。雍正七年（1729年），东兰土州一分为二，设立改流的东兰州，由清廷指派流官管理，而东兰土分州则继续由土官统治。学者钟文典认为，这反映了鄂尔泰在广西采用的灵活改土归流策略，改流后当地百姓生活较为安定。

乾隆年间，广西尚存47个土司地区未改流，但都置于流官严格控制之下，不仅设有道台、知府管辖，还普遍配置流官佐贰，称作“汉堂”，大大削弱了土官的司法权，重大案件多由流官承审。遇到复杂案件，则由流官、土官及佐杂联合调查，确保妥善处理。清朝的流官承审制不仅削弱土官司法权，也促进了非汉族群与汉官间的互动，逐渐强化汉官影响力。该承审制在明末已有雏形，到雍正时期成为正式制度。

土民对土官的压迫无法忍受，起初会推选有威望的绅士调解争端，后发展成直接向官府投诉。鄂尔泰治理西南时建议朝廷由流官承审案件，以监督土官、分割其权力。调查显示，引发土司地区“动乱”的多数土民本性朴实，安于农耕，害怕官府。实际扰乱局势者多为来自湖广、江西的汉奸，这些汉奸怂恿土民做非法勾当，自己却逍遥法外。为此，官府重点清查汉奸身份，凡发现湖广、江西汉民居住在土司辖区者，严查其行为，核实违法后依法处置。

清廷平定非汉族“动乱”时，通常由汉官带领僮人共同镇压，战后予以嘉奖。这也显示了汉人与僮人之间早期的联合关系。虽然僮人也有“动乱”，反映了汉僮关系的复杂性，但僮人与汉人的关系相较瑶人更为和谐，社会地位接近汉人，融合速度更快。随着交往频繁，僮人读书考取功名者日渐增多，融入汉族主流社会进程加快。