1975年8月,郭林祥被调任至新疆军区担任政治委员,此次转任引起了广泛关注,尤其是司令员杨勇对他的到来表示了热烈的欢迎。杨勇在当时不仅是军区的司令员,同时还身兼自治区的第二书记和第三书记,意味着他肩负着繁重的双重职责。由于杨勇的实际工作重心更多是在地方,因此军区的日常事务管理主要由郭林祥来主持,这显得尤为重要。
郭林祥上任时正值全军进行整顿的关键时期,军中存在着许多不容忽视的问题,包括骄纵、奢华和懒惰的现象,这些都亟待认真解决。郭林祥在军区机关中观察到,官僚主义和懒散现象蔓延,原因在于部分成员不讲原则,甚至坚持派性,严重干扰了团体的团结。例如,在一个基层单位里,竟存在两个党支部,其中一个党支部的成员较众,而另一个则相对较少。当上级决定从该单位选派一名干部去深造时,两个党支部各自坚持自己的意见,相互之间毫不妥协,最终导致选拔工作陷入停滞,毫无进展。
郭林祥注意到,军区司令部与门诊部之间仅一墙之隔,他干脆建议把门诊部的人从司令部内部通过一个新的通道进入,并设置两个岗哨,而将门诊部的大门封闭。这项看似小的改善,竟然拖延了两个月之久,他几次催促之后才得以解决,令人震惊的是,作为军区的主要领导,这样的事情都能一拖再拖,显示了领导机关在整顿方面的松懈和不足。这一案例表明,如果不首先整顿领导机关,那么后续的工作也就无从谈起。
在他首次召开党委会议时,郭林祥明确提出:无论你们来自哪个派系,都必须摒弃派性,回归原则之上,将一切按照原则来处理,根除软懒散的现象,做到有令即行。确定方针后,他身体力行,分半天在办公室,半天深入基层进行实地考察,确保持各个科室的高效运转。他严禁任何人继续死守派性,对那些无视指令的人将予以严厉处理。
针对派性问题,郭林祥在担任总后勤政委期间就体现出了零容忍的态度。他将消除派性与增强团结作为工作的重中之重,遇到阻碍时,他直言不讳地指出问题所在,并告诉不支持的派系:“我是受上级委派的政委,执行的是上级的指示,而非你们那个派的政委。”在后续的工作中,不论是重大会议还是小型讨论,他都时常强调一些重要的原则,以确保团体的统一和高效运作。