在十三世纪初，随着蒙古西征的结束，成吉思汗的后代在中亚地区建立了察合台汗国。这个汗国以成吉思汗的次子察合台的名字命名，是四大蒙古汗国之一。与其他蒙古汗国一样，察合台汗国经历了许多风风雨雨，尤其是在中亚这片多事的战乱之地，曾经面临内外夹击。尽管面临如此严峻的形势，直到十七世纪，东察合台汗国依然由察合台家族掌握。

回顾历史，成吉思汗于1225年结束第一次西征后，将大部分领土分配给了他的后代。察合台继承了西辽与阿姆河以东的广阔土地。成吉思汗去世后，察合台一直坚定支持窝阔台继位，最终他在窝阔台成为大汗后返回了自己的封地，过上了牧民的生活。察合台对传统蒙古习俗的遵守非常严格，他并不经常居住在城镇中，而是常常在草原上游牧，河中地区的城镇则交由地方总督管理。 然而，察合台的统治并不长久。1242年，察合台在草原上病逝，他的孙子哈剌旭烈继承了封地。然而，由于年幼，哈剌旭烈的母亲代为管理此地。随着1246年窝阔台之子贵由即位，察合台汗国的局势发生了变化。贵由和察合台家族的另一个成员也速蒙哥关系密切，他废除了哈剌旭烈的继位，扶持了也速蒙哥以掌控察合台汗国。 1259年，随着大汗蒙哥的去世，忽必烈与阿里不哥争夺汗位，察合台汗国成为他们争夺的焦点。忽必烈与阿里不哥分别派出代表前往察合台汗国进行拉拢。1260年，阿里不哥派出的阿鲁忽成功夺取了汗位，并选择支持忽必烈。此举引发了阿里不哥的反击，双方多次交战。 1265年，阿鲁忽死后，忽必烈已经击败了阿里不哥，并开始册封八剌为新的察合台汗。然而，八剌上任后与忽必烈发生了冲突，反而与窝阔台汗国的海都联合，企图抗衡忽必烈的势力。1270年，八剌在与伊尔汗国的战争中受挫，伤重死去。此后，海都扶持八剌的儿子都哇上位，都哇在位期间继续与元朝作战，尽管在战争中未取得决定性胜利。

1301年，都哇参与了帖坚古山之战，再次败给元朝。1303年，都哇向元朝投降，并获得了支持，以帮助打击窝阔台汗国。察合台汗国经历了长时间的内乱，虽然都哇曾尝试通过远征印度获取财富，但最终未能成功。1306年，都哇去世，察合台汗国再次陷入混乱。

继都哇之后，许多短暂的领导者相继出现在汗国历史中。到了1310年，都哇的儿子也先不花继位，开始与元朝维持良好关系。然而，随着边境问题的升温，察合台汗国在与元朝和伊尔汗国的冲突中损失了不少土地。1320年，也先不花的弟弟怯别成为可汗，转移了察合台汗国的政治中心至西部的河中地区。这一决策加剧了汗国的分裂，并使得东部游牧部族与西部定居贵族的关系日益疏远。

1326年，怯别去世后，察合台汗国再次陷入内乱，贵族们争夺汗位。此后，察合台汗国经历了长达二十年的政权更替，直到1346年，察合台汗国最终分裂为两部分：西察合台汗国与东察合台汗国。西察合台汗国的中心设在撒马尔罕，而东察合台汗国则保持游牧民族的生活方式，首都设在阿力麻里。

自此之后，两个汗国不断发生冲突。1360年，东察合台汗国的秃忽鲁帖木儿趁西察合台汗国内乱之际，成功占领河中地区，并且借此机会结识了年轻的帖木儿。帖木儿在后来成为东察合台汗国的重要人物，曾多次发动远征，重创敌对势力。1391年，黑的儿火者成为东察合台汗国的可汗，并且与帖木儿建立了某种程度的合作关系。 然而，帖木儿去世后，东察合台汗国开始收复失地，并持续和帖木儿帝国的遗产争夺地盘。1428年，歪思汗去世，东察合台汗国陷入进一步的混乱，歪思汗的儿子也先不花继位。此后，羽奴思汗成为东察合台汗国的可汗，并多次与明朝交涉，但最终在内部纷争中失败。

进入十五世纪末，羽奴思汗的两个儿子在内部纷争中被击败，东察合台汗国的势力被逐出河中地区，而羽奴思汗的孙子赛依德汗在1514年建立了叶尔羌汗国，并且在十七世纪末仍然存在，直到1680年才被准噶尔汗国彻底征服。