1969年5月,阎仲川被调任为总参谋部副总长兼作战部长,之前他曾担任广州军区参谋长。对于许多人来说,阎仲川或许并不熟悉。他是那批早在抗日战争初期就投身革命事业的干部之一,通常被称为“三八式”干部。加入八路军后,他一直从事参谋工作,曾在冀中军区和晋绥军区的司令部担任过重要的参谋职务。 抗战胜利后,阎仲川随部队转战东北,在东北民主联军担任参谋工作,之后他又升任东野司令部参谋处作战科副科长和中南军区司令部第一科科长。新中国成立后,阎仲川被任命为广州军区司令部作战处处长,并在1960年晋升为大校。在广州军区工作了14年,阎仲川深刻意识到,军区领导在干部选用上敢于大胆尝试新的策略。面对一些已经定型的工作方案,他不怕提出自己的不同意见,并且毫不犹豫地表达出来。
随着时间推移,阎仲川于1964年升为军区副参谋长兼作战部长,并在1967年成为军区参谋长,成为黄永胜的得力助手之一。到了1969年,他被提拔到总参谋部工作。至于是否是黄永胜的推荐让他得到了这一任命,目前已没有确切的证据。尽管他在资历和能力上比他身边的许多将领要逊色,但他在黄永胜身边工作了长达13年,积累了丰富的经验。 在担任副总长兼作战部长期间,阎仲川深知在总参工作并不轻松。身边不乏许多经验丰富、地位显赫的高层人物,因此他选择了一种较为封闭的工作方式。他不会主动参与总参内部的纷争,也很少表态。甚至对于老首长们的邀请,像林和黄两位领导放映电影时的邀请,他也从未出席。他曾坦言,军队非常注重资历,而自己无论从能力还是资历上都无法与许多老资格的将军相比。在那些重要岗位上,压力是巨大的,他只能尽力应对,集中精力做好战备工作。 1971年,九一三事件爆发。当阎仲川得知消息时,犹如晴天霹雳,他随之陷入了深深的迷茫。经过两年零四个月的总参工作后,阎仲川遭遇了隔离审查,而这次审查竟然持续了整整七年半之久。直到1979年,他才终于解除监管。1982年,总参的一位领导向他宣布了审查结论,指出他在广州支左期间存在失误。最终,阎仲川被安排为大军区参谋长待遇,并得以离休。