在遵义会议上，毛主席被选为常委，常委一共有五人：张闻天、周恩来、毛泽东、博古和陈云。会议的第二天，大家对常委的工作进行了明确分工，毛主席因此重新回到了军队的领导岗位，参与对中央红军的军事指挥工作。

在中央红军离开遵义后，毛主席和其他领导根据敌情的变化，采取了更加灵活和机动的战术，决定实施转兵和缩编等一系列重要的军事政策。

经过二渡赤水的战斗后，毛主席指挥红军成功击溃了王家烈的8个团，消灭了吴奇伟的2个师，缴获了大量的武器和物资，并俘虏了超过3000人，这也标志着长征中的第一个重要胜利。为此，毛主席创作了脍炙人口的《忆秦娥·娄山关》：

西风烈，长空雁叫霜晨月。霜晨月，马蹄声碎，喇叭声咽。

雄关漫道真如铁，而今迈步从头越。

从头越，苍山如海，残阳如血。

随着这场战役的胜利，张闻天在实践中对毛主席的战略战术和军事指挥能力产生了更深的信任和敬佩。于是，张闻天提议成立一个前敌指挥部，由毛主席担任前敌总指挥，以便进一步统一指挥。

毛主席担任前敌总指挥后不久，红一军团便提出了攻打打鼓新场的建议。为此，中央在鸭溪召开了政治局扩大会议，讨论这个问题。在会上，绝大多数同志支持进攻，但毛主席坚决反对，认为此举不合时宜。会上意见分歧，毛主席甚至表示如果大家坚持进攻，他愿意辞去前敌总指挥的职务。最后，大家仍未改变决定，会议结束后，前敌总指挥的职务由彭德怀暂时接替。

会后，毛主席心中依然不安，决定找周恩来谈话。通过毛主席的耐心劝说，大家最终冷静下来，放弃了攻打打鼓新场的决定，避免了一场可能的军事损失。

鸭溪会议之后，由于过多的讨论可能对战争进程产生不利影响，毛主席提出成立一个新的军事指挥机构，专门负责指挥军事行动。张闻天认为，军事指挥必须快速果断，频繁开会并非有利于战斗指挥，他也承认自己对军事指挥并不精通，因此表示支持毛主席的建议。

于是，新的“三人团”正式成立，成员包括毛主席、周恩来和王稼祥。这标志着毛主席在军事指挥中的重要地位进一步得到了确认，他的军事领导思想也在全党、全军中得到了更加广泛的认可。

在“三人团”成立后，毛主席继续指挥红军长征，接下来的“四渡赤水”战役也成为了著名的历史战例。这一系列复杂的战斗，展示了毛主席运动战战略思想的巨大威力。毛主席后来曾说，四渡赤水是他一生中最得意的战役，甚至超过了三大战役。

然而，并不是所有人都能理解四渡赤水战术的高明之处。很多人对毛主席频繁指挥红军转移感到困惑，有时向东有时向西，时走新路，时走老路，很多人虽然按照命令执行，却心生不满，认为部队只是在行军，而没有实际的战斗，担心会被拖垮。

不仅是红军第一军团和第三军团的一些人无法理解，连“三人团”成员中的王稼祥也提出了质疑，他找到了张闻天，认为部队应该专注打仗，而不是走来走去，希望能够召开会议解决这一问题。

5月9日，红军成功渡过金沙江，取得了战略上的主动。此时，会理会议得以召开。在会上，毛主席批评了那些质疑“走弓背路”的错误看法，明确指出：“现在为了摆脱追敌不肯多吃一点苦，将来就会吃更多的苦。”他还指出，怀疑和动摇的态度是右倾思想的表现。

在会议中，毛主席不点名批评了张闻天，暗示是他在背后煽动了这种不满情绪。尽管张闻天感到有些委屈，但大敌当前，他始终没有作出辩解，始终坚持团结大局。在会理会议的最后，由张闻天作出结论，强调自遵义会议以来，毛主席的军事指挥始终是正确的，并批评了那些反对机动作战、在部队中抱怨的同志。

张闻天秉持的信条是“真理在谁手里跟谁走”，他认为在革命队伍中出现争论是很正常的，只有通过争论和实践，大家才能认识到正确的道路。会议结束后，他便以“日久见人心，事久自明”的态度，将这件事放在一边。

张闻天的夫人刘英曾指出，张闻天性格内向，不擅长与人沟通思想，这常常导致隔阂和误解。刘英的这一说法在1941年得到了验证。当时，有人批评张闻天在会理会议之前曾调动军队领导同志反对“三人小组”。张闻天当晚便写了一封信，解释当时的情况，但由于性格原因，他写完信后又觉得没有必要进一步解释。

直到1943年整风运动期间，刘英提醒张闻天，应该趁此机会把会理会议上的事情说清楚。张闻天采纳了妻子的建议，最终在延安做出了详细的解释。

张闻天在自己的笔记中写道：“说我曾经鼓动反对三人小组，完全是误会；会理会议上，我的报告大纲是与毛主席、王稼祥商量过的……”他将这篇长达五万多字的笔记首先交给毛主席审阅。毛主席读完后亲自来到张闻天的窑洞，将笔记还给他，并称赞道：“我一口气把它读完了，写得很好！”

张闻天听到这话后心情愉悦，他感到毛主席终于了解了自己，从此误会得以消除。1959年，张闻天在庐山上再次为此事做了解释，他回顾了这段往事，并表示，虽然在过去24年中没有主动与毛主席解释，但从现在的经验来看，还是应该及时澄清误会，以避免误解和挑拨者的利用。