成吉思汗所建立的大蒙古国，随着忽必烈在元朝建立后，逐渐面临了分裂的危机。忽必烈在漠南召开的忽里台大会上自立为蒙古大汗，并完全忽视了漠北蒙古贵族的声音和意见，这一举动引发了漠北蒙古贵族的强烈反对。为了报复忽必烈的独断专行，他们联合推选了忽必烈的弟弟阿里不哥为新的蒙古大汗。忽必烈倾向于汉文化，而阿里不哥则坚定支持传统的蒙古文化，这种文化上的差异进一步加深了双方的矛盾。

这一决策直接导致了大蒙古国内爆发了一场为期四年的内战。在这场战争中，忽必烈的支持者主要是来自漠南的蒙古贵族和汉地的地主土豪，而阿里不哥则得到了漠北传统贵族的支持，尤其是察合台家族和窝阔台家族的成员。窝阔台家族的孙子海都，在这场内战中趁机谋划着家族复兴，开始在暗中积聚力量。1260年，海都集结了窝阔台家族的支持者，准备建立窝阔台汗国，挑战忽必烈的权威。

成吉思汗的遗嘱内含的问题也为这一系列的纷争埋下了伏笔。成吉思汗的四个嫡子——术赤、察合台、窝阔台和托雷，彼此之间的关系并不融洽。术赤和察合台支持一派，窝阔台和托雷支持另一派，形成了明显的两大阵营。成吉思汗在遗嘱中将大汗的位子传给了第三子窝阔台，但却把大部分军权交给了第四子托雷，这注定了窝阔台和托雷之间会产生不少冲突。

最终，成吉思汗去世后，托雷凭借手中重兵，成功延迟了忽里台大会的召开，并实际控制了蒙古的政权。直到两年后，窝阔台和察合台联合召开了忽里台大会，最终按照遗嘱将窝阔台推上了大汗之位。此举激化了窝阔台和托雷的矛盾，窝阔台在返回的途中，装作生病，而托雷则在前来探望时被迫喝下了所谓的“符水”，试图救治窝阔台。令人惊讶的是，托雷很快死于非命，年仅40岁，而窝阔台的“病”却奇迹般地痊愈。

窝阔台继位后展开了对托雷家族的报复。首先，他将本应归托雷的部曲分给了自己的儿子，并强迫托雷的妻子唆鲁禾帖尼改嫁给自己的儿子贵由。唆鲁禾帖尼拒绝了这一提议，带着托雷的儿子们返回了托雷的封地，保住了家族的一部分产业。两家之间的恩怨由此更加深刻，为后来的冲突埋下了种子。

托雷家族最终成功篡夺了窝阔台家族的大汗之位。在窝阔台死后，他的妻子乃马真后试图垂帘听政，扶持儿子贵由继位。然而，贵由与术赤之孙拔都的关系极差，贵由即位后决定亲自带兵讨伐拔都。拔都已经在东欧建立了强大的钦察汗国，势力强大。贵由的征战之初，突然离奇去世，蒙古大汗之位再次出现空缺。拔都趁机与托雷的妻子唆鲁禾帖尼联手，支持托雷的长子蒙哥继位。经过几次波折的忽里台大会后，最终蒙哥于1251年成功成为蒙古大汗。

此后，窝阔台家族开始支持阿里不哥与忽必烈争夺大汗之位。海都在内乱中逐步集结窝阔台家族的力量，并在阿里不哥败北后，最终建立了窝阔台汗国。这个新建立的汗国主要涵盖了原乃蛮部和西辽的领土，跨越新疆、俄罗斯及哈萨克斯坦部分地区，与察合台汗国和钦察汗国接壤。

海都在建立窝阔台汗国的过程中，并未直接与忽必烈对抗，因为双方的实力差距过大。然而，海都为了进一步壮大自己的国力，还是不得不与察合台汗国发生了冲突。当察合台汗国的可汗去世后，海都趁机夺取了部分领土，并得到了钦察汗国的支持。随着元朝的崛起，忽必烈开始关注西北地区，发现了窝阔台汗国的存在。窝阔台汗国成为了元朝的隐患，虽然它的实力相对较小，但其反抗元朝的情绪尤为强烈。

公元1268年，窝阔台汗国主动向元朝发动进攻，但遭遇惨败。尽管如此，海都在与察合台汗国的战争中取得了显著胜利，迫使察合台汗国与元朝断交。随着察合台汗国内部的动荡加剧，海都趁机扩张领土，并开始对元朝及其邻国展开一系列挑战。

海都最终在1289年联合都哇与元朝军队展开了大规模战斗，并在杭爱山击败了忽必烈的孙子甘麻剌。忽必烈愤怒异常，亲自出征讨伐海都，但海都成功逃脱。1294年忽必烈去世后，海都再次发动进攻，取得了重大胜利。到了海都的巅峰时期，他已占领了天山以南的广阔领土，多次侵入漠北蒙古，严重威胁元朝的政权。

然而，随着元成宗的登基，海都的攻势遭遇了强烈的反击。1304年，察合台汗国与伊尔汗国先后与元朝达成和解，窝阔台汗国也在压力下宣布与元朝和解。但元成宗并未忘记窝阔台汗国的叛乱，元朝在察合台汗国的支持下，逐步蚕食窝阔台汗国的领土。海都去世后，元朝进一步干预了窝阔台汗国的继承事务，加剧了该国的内部混乱，最终于1309年将其灭亡，宣告了其短暂而动荡的历史的终结。