新中国成立后，纪登奎留在河南，从事了一系列重要的工作，其中包括担任许昌地委副书记和宣传部部长等职务。1951年，国家主席在南下视察期间经过许昌时，特地在专列上接见了纪登奎。纪登奎在这次会上详细汇报了工作进展，令主席印象深刻。从此，几乎每次主席路过河南时，都会询问纪登奎的工作情况，而随着汇报的不断进行，纪登奎的职务也得到了逐步晋升。

进入1966年，“十年特殊时期”拉开帷幕，纪登奎随即被赋予重任，成为“河南省文化革命小组”的副组长。然而，1967年上海发生了震动江湖的“一月风暴”后，纪登奎对造反派的夺权行为表示了不同的看法，因此遭到了冲击，被“打倒”。

在被“打倒”后的大约半年里，纪登奎在主席的关怀下逐渐复职。此时已是1967年秋天，主席南巡，抵达郑州后与河南省的领导进行了接见。在这次会谈中，纪登奎向主席讲述了自己被批斗的经历，并提到自己曾坐了100多次飞机。这里的“坐飞机”并非真实的乘坐，而是当时一种特有的体罚方式，受罚者需弯腰、举手，长时间维持这种姿势，极其疲累。主席听后好奇地询问纪登奎的感受，纪登奎则答道：“这对我大有好处。”主席对此产生了浓厚的兴趣，继续追问，纪登奎解释道：“腰酸得很，感觉就和割麦子差不多。”两人在坐飞机的经历上展开了深入的讨论。

在这次交流之后，纪登奎迅速恢复了工作，积极参与了河南省革委会的筹备，后来担任了该委员会的副主任。1969年，纪登奎应邀前往北京参加“九大”会议。在会议上，作为革命干部的代表，他有机会在主席台上发言。纪登奎的发言主要总结为“三个正确”，具体指的是：“正确对待群众，正确对待自己，正确对待文化革命”。

纪登奎提出的“三个正确”赢得了与会者热烈的掌声。1970年，由于他对这场文化革命的正确态度，纪登奎被调往中央工作。主席非常看重他在运动中正确对待群众的能力，这也是他得到提升的主要原因。

到了1978年，十一届三中全会期间，纪登奎主动对自己的过失进行了检讨，但随之而来的是，他因提出的“三个正确”而遭到了批判。实际上，这样的反应并不令人意外，因为在“十年特殊时期”，许多老干部饱受磨难，而纪登奎却对自己的遭遇抱有“大有好处”的看法，这无疑让许多人心中产生了不满。

1980年，经历了十一届五中全会后，纪登奎主动辞去了自己的领导职务，随后被调往“九号院”工作。在这段时间里，纪登奎多次撰写检查，反思自己的错误，包括当初所提出的“大有好处”和“三个正确”理念。

有一点值得强调的是，当他在检讨“大有好处”的时候，河南省专门张贴出大字报来批判纪登奎。1978年，河南省委门前挂出的大字报上写道：“纪登奎说自己坐了100多次飞机，完全是欺骗……根据统计，纪登奎‘坐飞机’只有九十七次。”由此可见，当时河南省内有相当一部分人希望对纪登奎进行更深的追究。而最终，这一事件还是在邓公的干预下得以平息，中央方面也专门向纪登奎征询他是否愿意回到河南工作，但他选择了拒绝。此后，纪登奎被调到“九号院”，成为了一名研究员。